R语言 lumi包 vst()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

vst(lumi)
vst()所属R语言包：lumi

                                         Variance Stabilizing Transformation
                                         变异稳定转换

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Stabilizing the expression variance based on the bead level expression variance and mean relations
稳定表达珠表达差异的方差和均值关系


用法----------Usage----------


vst(u, std, nSupport = min(length(u), 500), backgroundStd=NULL, fitMethod = c('linear', 'quadratic'), lowCutoff = 1/3, ifPlot = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：u
mean expression of the beads with same sequence  
平均珠同序列的表达


参数：std
expression standard deviation of the beads with same sequence  
珠同序列表达式的标准偏差


参数：nSupport
the number of down-sampling to speed processing  
降采样编号，以加快处理


参数：backgroundStd
pre-estimated background standard deviation level
预先估计的背景标准偏差水平


参数：fitMethod
methods of fitting the relations between expression variance and mean relations  
表达方差和均值的关系之间的关系的拟合方法


参数：lowCutoff
cutoff ratio to determine the low expression range. Do not change this until you now what you are doing.  
截止比例确定低表达的范围。不改变这种直到你现在你在做什么。


参数：ifPlot
plot intermediate results or not  
图中间结果或不


Details

详情----------Details----------

The variance-stabilizing transformation (VST) takes the advantage of larger number of technical replicates available on the Illumina microarray. It models the mean-variance relationship of the within-array technical replicates at the bead level of Illumina microarray. An arcsinh transform is then applied to stabilize the variance. See reference for more details.
方差稳定变换（VST）的数量较大的技术优势，Illumina的芯片上复制。 IT模式，在阵列技术在Illumina的芯片珠水平的均值 - 方差关系的复制。一个arcsinh变换，然后应用到稳定的变异。详情请参阅参考。

For the methods of fitting the relations between expression variance and mean relations, the 'linear' method is more robust and provides detailed parameters for inverseVST.
为表达方差和均值的关系之间的关系拟合的方法，“线性”的方法是更强大和详细参数为inverseVST提供。


值----------Value----------

Return the transformed (variance stabilized) expression values.
返回转化（方差稳定）表达式的值。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du, Simon Lin



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

lumiT, inverseVST
lumiT，inverseVST


举例----------Examples----------


## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

## get the gene expression mean for one chip[＃基因表达的意思为一个芯片]
u <- exprs(example.lumi)[,1]
## get the gene standard deviation for one chip[＃得到一个芯片上的基因标准偏差]
std <- se.exprs(example.lumi)[,1]

## do variance stabilizing transform[＃方差稳定变换]
transformedU <- vst(u, std)

## do variance stabilizing transform with plotting intermediate result [＃方差稳定变换绘制中间结果]
transformedU <- vst(u, std, ifPlot=TRUE)



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