rankinvariant(lumi)
rankinvariant()所属R语言包：lumi
Rank Invariant Normalization
排名不变的规范化
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function basically adjusts the samples to the same background level and then optionally scales to the same foreground level.
此功能基本上调整相同的背景水平的样本，然后可选尺度相同的前景。
用法----------Usage----------
rankinvariant(x.lumi, targetArray = NULL, rrc = .05, lowRank = seq(.5, .25, -.05), highRank = .9, minSize = .02, maxit=200)
参数----------Arguments----------
参数：x.lumi
an ExpressionSet inherited object or a data matrix with columns as samples and rows as genes
作为样本行和列作为基因一个ExpressionSet继承的对象或数据矩阵
参数：targetArray
A target chip is the model for other chips to normalize. It can be a column index, a vector or a LumiBatch object with one sample.
一个目标芯片是其他芯片标准化的模型。它可以是一个列的索引，一个向量或一个样本LumiBatch对象。
参数：rrc
The relative rank change allowed for a gene to be selected as rank invariant
允许一个被选定为排名不变的基因的相对排名变化
参数：lowRank
A vector with, in decreasing order, the minimum ranks where candidate genes can be selected as rank invariant
与向量，以递减的顺序，候选基因可以选择排名不变的最低行列
参数：highRank
The maximum rank where candidate genes can be selected as rank invariant
候选基因可以选择排名不变的最高排名
参数：minSize
Fraction of genes required to be selected as rank invariant
基因分数须选择排名不变
参数：maxit
Maximum number of iterations for rlm to reach convergence
rlm达到收敛的最大迭代次数
Details
详情----------Details----------
Rank invariant normalization uses a set of genes that are rank invariant between a given sample and a target sample. The target sample can be predefined by setting the targetArray argument. If targetArray is NULL the average expression of all samples will be the target. Rank invariant genes are found for each sample seperately by calculation the relative rank change for each gene. Furthermore, only genes with ranks between the lowRank and highRank are considered. If the number of probes is less than minSize multiplies by the number of genes the next lowRank value tried. If no rank invariant set can be found an error is thrown.
排名不变标准化使用一套排名不变之间的一个给定的样本和目标样本的基因。目标样本可以是预定义设置targetArray参数。如果targetArray是NULL，所有样品的平均表现将成为目标。排名不变的基因被发现每个样品分开计算每一个基因的相对排名变化。此外，唯一的基因被认为与之间的lowRank的和highRank行列。如果探针的数量是少的基因数量比MINSIZE乘以未来lowRank值尝试。可以发现，如果没有排名不变集抛出一个错误。
The default settings of this function are the same as used Genomstudio (Illumina). The results produced by this method are similar, but not identical to Genomestudio.
此功能的默认设置是作为，二手Genomstudio（Illumina公司）相同。用这种方法产生的结果是相似的，但不完全相同Genomestudio。
值----------Value----------
Return an object with expression values normalized. The class of the return object is the same as the input object x.lumi.
返回一个表达式的值标准化的对象。返回对象的类是相同的输入对象x.lumi的。
作者（S）----------Author(s)----------
Arno Velds (contact: a.velds (at) nki.nl)
参见----------See Also----------
lumiN
lumiN
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 23:51:38
