R语言 lumi包 plotGammaFit()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotGammaFit(lumi)
plotGammaFit()所属R语言包：lumi

                                         plot the fitting results of <a href="../../lumi/help/gammaFitEM">gammaFitEM</a>
                                         <a href="../../lumi/help/gammaFitEM"> gammaFitEM </ A>绘制的拟合结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plot the fitting results of gammaFitEM. It basically plot the histogram of M-values plus the estimated gamma density plots and their mixture.
gammaFitEM绘制的拟合结果。它基本上绘制直方图的M值加上估计伽马密度图和它们的混合物。


用法----------Usage----------


plotGammaFit(x, gammaFit = NULL, k = NULL, theta = NULL, shift = NULL, proportion = NULL, plotType = c("histogram", "density"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
a vector of M-values covering the whole genome  
覆盖整个基因组的m值的向量


参数：gammaFit
a "gammaFit" class object returned by gammaFitEM  
“gammaFit”类对象返回gammaFitEM


参数：k
parameter k of gamma distribution
伽玛分布参数k


参数：theta
parameter theta of gamma distribution
伽玛分布参数THETA


参数：shift
parameter shift of gamma distribution
伽玛分布参数转变


参数：proportion
the proportion of two components (gamma distributions)
两部分组成（伽玛分布）的比例


参数：plotType
determine the way to show the distribution of the input data, either histogram or density plot  
确定的方式来显示输入数据的分布，无论是直方图或密度图


参数：...
Other parameters used by hist or plot (for "density" plotType) function.  
hist或plot（“密度”plotType）函数使用的其他参数。


Details

详情----------Details----------

This function is to visualize the fitting results, which helps us understand how well the fitting is.
这个功能是可视化的拟合结果，这有助于我们了解如何配件。


值----------Value----------

Invisibly return TRUE if the plot is successful.
无形返回TRUE，如果图是成功的。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan DU



参见----------See Also----------

gammaFitEM
gammaFitEM


举例----------Examples----------



data(example.lumiMethy)
M <- exprs(example.lumiMethy)
fittedGamma <- gammaFitEM(M[,1], initialFit=NULL, maxIteration=50, tol=0.0001, plotMode=FALSE, verbose=FALSE)
plotGammaFit(M[,1], gammaFit=fittedGamma)


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