R语言 lumi包 pairs-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pairs-methods(lumi)
pairs-methods()所属R语言包：lumi

                                        Pair plot of an ExpressionSet object
                                         对图一个ExpressionSet对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creating pairs plot of sample intensities in an ExpressionSet object
创建在ExpressionSet对象pairs样品强度图


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'ExpressionSet'
pairs(x, ..., smoothScatter = FALSE, logMode = TRUE, subset = 5000, fold=2, dotColor=1, main = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：x
a ExpressionSet object
ExpressionSet对象


参数：...
optional arguments to pairs.
pairs可选参数。


参数：smoothScatter
whether use smoothScatter function to plot points        
是否使用smoothScatter函数来绘制点


参数：logMode
whether plot the data in log2 scale  
是否图以log2规模的数据


参数：subset
subset of rows used to plot. It can be an index vector, or the length of a random subset
用于绘制的行子集。它可以是一个索引向量，或一个随机子集的长度


参数：fold
The fold-change threshold used to estimate the number of probes having high fold-changes
fold change阈值用来估计有高fold change的探针


参数：dotColor
color of points in the scatter plot
在散点图点颜色


参数：main
title of the plot         
图称号


Details

详情----------Details----------

To increase the plot efficiency, by default, we only plot RANDOMLY selected subset of points (based on parameter "subset"). If users want to plot all the points, they can set the parameter "subset = NULL". When smoothScatter is set as TRUE, the subsetting will be suppressed because smoothScatter function has good plot efficiency for large number of points.
为了增加的图效率，默认情况下，我们只绘制随机抽取点（根据参数“子集”）的子集。如果用户要绘制所有点，他们可以设置参数“子集= NULL”。当smoothScatter设置为TRUE，该子集将被抑制，因为smoothScatter功能好点的大量图效率。


参见----------See Also----------

LumiBatch-class, pairs
LumiBatch-class，pairs


举例----------Examples----------


## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

pairs(example.lumi)

pairs(example.lumi, smoothScatter=TRUE)

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注：
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