R语言 lumi包 nuID2EntrezID()函数中文帮助文档(中英文对照)

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nuID2EntrezID(lumi)
nuID2EntrezID()所属R语言包：lumi

                                         Map nuID to Entrez ID
                                         图nuID Entrez的编号

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Map nuID to EntrezID through RefSeq ID based on IDMapping libraries.
图nuID通过的RefSeq ID EntrezID基于IDMapping库。


用法----------Usage----------


nuID2EntrezID(nuID = NULL, lib.mapping, filterTh = c(Strength1 = 95, Uniqueness = 95), returnAllInfo = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：nuID
a vector of nuIDs. If it is NULL, all mappings will be returned.  
向量的nuIDs。如果它是NULL，将返回所有映射。


参数：lib.mapping
the ID mapping library  
ID映射库


参数：filterTh
the mapping quality filtering threshold used to filter the ID mapping.  
映射质量筛选阈值用于过滤的ID映射。


参数：returnAllInfo
determine to return the detailed mapping information or just the matched RefSeq IDs  
确定返回详细的映射信息，或只是匹配的RefSeq标识


Details

详情----------Details----------

This function is based on the return of getNuIDMappingInfo function. The mapping from nuID to EntrezID was based on the mapping from nuID to RefSeqID and RefSeqID to EntrezID. It uses mapping quality information to filter out the bad mappings from nuID to RefSeqID. The parameter "filterTh" is obsolete for lumi ID mapping package > version 1.3, which only keeps the perfect mapping. For the old version of ID mapping package (< 1.3), the names of "filterTh" are basically the field names of "nuID\_MappingInfo" table, which include 'Strength1', 'Strength2', 'Uniqueness' and 'Total hits'. For the definition of these metrics, please refer to the IDMapping library or see the reference website.
此功能是基于getNuIDMappingInfo函数返回。是基于映射从nuID到EntrezID的映射从nuID到RefSeqID和RefSeqID到EntrezID。它采用测绘质量信息过滤掉坏从nuID到RefSeqID映射。参数“filterTh”是过时的LUMI ID映射包> 1.3版本，其中仅保持了完美的映射。对于旧版本的ID映射封装（<1.3），“filterTh”的名称基本上都是“nuID \ _MappingInfo”表中的字段名，其中包括Strength1“，”Strength2，唯一性和总点击数“。对于这些指标的定义，请参阅的IDMapping库或参考网站。


值----------Value----------

returns the matched Entrez IDs or a data.frame with each row corresponding to an input nuID (when "returnAllInfo" is TRUE).       
返回匹配Entrez的标识或数据框，每一行对应一个的输入nuID（“returnAllInfo”为TRUE时）。


作者（S）----------Author(s)----------


Warren Kibbe, Pan Du, Simon Lin



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

See Also getNuIDMappingInfo
另见getNuIDMappingInfo


举例----------Examples----------


        ## load example data[＃加载数据为例]
        data(example.lumi)
        if (require(lumiHumanIDMapping)) {
                nuIDs <- featureNames(example.lumi)
                mappingInfo <- nuID2EntrezID(nuIDs, lib.mapping='lumiHumanIDMapping')
                head(mappingInfo)
        }

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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