R语言 lumi包 lumiR.batch()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

lumiR.batch(lumi)
lumiR.batch()所属R语言包：lumi

                                        Read BeadStudio output files in batch
                                         读一批BeadStudio输出文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Read BeadStudio output files in batch and combine them as a single LumiBatch object
读一批BeadStudio输出文件，并结合他们作为单LumiBatch对象


用法----------Usage----------


lumiR.batch(fileList, convertNuID = TRUE, lib.mapping = NULL, detectionTh = 0.01, QC = TRUE, transform = c('none', 'vst', 'log2', 'cubicRoot'), sampleInfoFile = NULL, verbose = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：fileList
a vector of file names or a directory keeping the data files in the format of .csv  
一个文件名或目录。csv格式的数据文件保存在向量


参数：convertNuID
determine whether convert the probe identifier as nuID  
确定是否转换探针标识作为nuID


参数：lib.mapping
same as lumiR parameter lib.mapping (optional)  
一样lumiR的参数lib.mapping（可选）


参数：detectionTh
the p-value threshold of determining detectability of the expression. See more details in lumiQ   
p值的阈值确定探测的表达。看到更多的细节lumiQ


参数：QC
determine whether to do quality control assessment after read in the data.
决定是否做质量控制评估后，在数据读取。


参数：transform
determine whether to do transform after input each file  
决定是否做后输入每个文件转换


参数：sampleInfoFile
a Tab-separated text file or a data.frame keeping the sample information (optional)  
制表符分隔的文本文件或数据框保持样品信息（可选）


参数：verbose
a boolean to decide whether to print out some messages  
一个布尔值，决定是否打印出一些消息


参数：...
other parameters used by lumiR  
lumiR使用其他参数


Details

详情----------Details----------

The function basically call lumiR for individual files and then combine the returns. The sampleInfoFile parameter is optional. It provides the sample information (for phenoData slot in LumiBatch object), it is a Tab-separated text file. ID column is required. It represents sample ID, which is defined based on the column names of BeadStudio output file. For example, sample ID of column "1881436070\_A\_STA.AVG\_Signal" is "1881436070\_A\_STA". The sample ID column can also be found in the "Samples Table.txt" file output by BeadStudio. Another "Label" column (if provided) will be used as the sampleNames of LumiBatch object. All information of sampleInfoFile will be directly added in the phenoData slot in LumiBatch object.
函数的基本调用个人档案lumiR的，然后结合的回报。 sampleInfoFile参数是可选的。它提供的样本信息（插槽LumiBatch对象phenoData），它是一个制表符分隔的文本文件。 ID列是必需的。它代表样品编号，其定义基于的BeadStudio输出文件列名。例如，样品编号列“1881436070 \ _A \ _STA.AVG \ _Signal”是“1881436070 \ _A \ _STA”的。样品编号列也可以被发现的“样品Table.txt”文件输出的BeadStudio。另一种“标签”栏（如果提供），将使用的sampleNames作为对LumiBatch的对象。所有sampleInfoFile信息将直接添加在在LumiBatch对象phenoData插槽。

To save memory space in the case of reading large data set, we can do transformation using lumiT function right after input the data, and the information like se.exprs, beadNum will be removed from the LumiBatch object after transformation.
为了节省内存空间，在读取大型数据集的情况下，我们可以做转换输入数据后lumiT使用功能的权利，像se.exprs信息，将被删除后的转型LumiBatch对象从beadNum。


值----------Value----------

A LumiBatch object which combines the individual LumiBatch object corresponding to each file
相结合的的个人LumiBatch对象，每个文件对应一个LumiBatch对象


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du



参见----------See Also----------

lumiR
lumiR


举例----------Examples----------


## fileList &lt;- c('file1.csv', 'file2.cvs')[＃文件列表< -  C（file1.csv，file2.cvs）]
## x.lumi &lt;- lumiR.batch(fileList, sampleInfoFile='sampleInfo.txt')[＃x.lumi < -  lumiR.batch（文件列表，sampleInfoFile =的“sampleInfo.txt）]


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