R语言 lumi包 lumiN()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

lumiN(lumi)
lumiN()所属R语言包：lumi

                                         Between chip normalization of a LumiBatch object
                                         之间芯片一个LumiBatch对象标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A main function of between chip normalization of a LumiBatch object. Currently, four methods ("rsn", "ssn", "quantile", "loess", "vsn") are supported.
一个之间芯片一个LumiBatch对象标准化的主要功能。目前，四个方法（RSN“，”SSN“，”分量“，”黄土“，”VSN“）的支持。


用法----------Usage----------


lumiN(x.lumi, method = c("quantile", "rsn", "ssn", "loess", "vsn", "rankinvariant"), verbose = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x.lumi
an ExpressionSet inherited object or a data matrix with columns as samples and rows as genes
作为样本行和列作为基因一个ExpressionSet继承的对象或数据矩阵


参数：method
five different between chips normalization methods ("quantile", "rsn", "ssn", "loess", "vsn", "rankinvariant") are supported  
五芯片标准化的方法（“分量”，“RSN”，“SSN”，“黄土”，“VSN”，“rankinvariant”）之间的不同支持


参数：verbose
a boolean to decide whether to print out some messages  
一个布尔值，决定是否打印出一些消息


参数：...
other parameters used by corresponding method  
通过相应的方法使用的其他参数


Details

详情----------Details----------

lumiN is an interface for different normalization methods. Currently it supports "RSN" (See rsn), "SSN" (See ssn), "loess" (See normalize.loess), "quantile" (See normalize.quantiles), "VSN" (See vsn) and "rankinvariant" (See rankinvariant) . See details in individual functions. Note: the "VSN" normalization should be directly applied to the raw data instead of the lumiT processed data.
LUMIN是不同的标准化方法的接口。目前，它支持“RSN的”（见rsn），“核潜艇”（见ssn），“黄土”（见normalize.loess），“分量”（见< x>）“的VSN”（见normalize.quantiles）和“rankinvariant的”（见vsn）。详情请参阅个别功能。注：“VSN的”标准化应直接应用到的原始数据，而不是处理的数据lumiT。


值----------Value----------

Return an object with expression values normalized. The class of the return object is the same as the input object x.lumi. If it is a LumiBatch object, it also includes the VST transform function and its parameters as attributes: "transformFun", "parameter". See inverseVST for details.
返回一个表达式的值标准化的对象。返回对象的类是相同的输入对象x.lumi的。如果它是一个LumiBatch对象，还包括VST的转换功能和它的参数作为属性：的“transformFun”，“参数”。看到inverseVST详情。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du, Simon Lin



参见----------See Also----------

rsn, ssn, rankinvariant
rsn，ssn，rankinvariant


举例----------Examples----------


## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

## Do lumi transform[＃做LUMI变换。]
lumi.T <- lumiT(example.lumi)

## Do lumi between chip normaliazation[＃之间做芯片normaliazation LUMI]
lumi.N <- lumiN(lumi.T, method='rsn', ifPlot=TRUE)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。