R语言 lumi包 detectionCall()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

detectionCall(lumi)
detectionCall()所属R语言包：lumi

                                         Estimate the detectable probe ratio
                                         估计检测探针比

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate the detectable probe ratio of each probe, sample or just return an AP matrix
估计每个探针，样品检测探针比例或只返回一个AP矩阵


用法----------Usage----------


detectionCall(x.lumi, Th = 0.01, type = c('probe', 'sample', 'matrix'))



参数----------Arguments----------

参数：x.lumi
a LumiBatch or MethyLumiM object  
，1 LumiBatch或MethyLumiM对象


参数：Th
the threshold. By default, when the detection p-value is less than 0.01, we suppose it is detectable. For the old version of BeadStudio output (version 2 or earlier), the threshold will automatically transferred as 1 - Th, because in the old format, value close to 1 is suppose to be detectable.  
阈值。默认情况下，检测p值小于0.01时，我们假设它是探测。对于旧版本BeadStudio输出（2或更早版本），阈值将自动转入为1  - 钍，因为在旧的格式，价值接近1假设被探测到。


参数：type
determine to calculate the detection count by probe or by sample  
确定计算探针或样品的检测计数


值----------Value----------

If the type is 'probe', then returns the presentCount of each probe. If the type is 'sample', then return the detectable probe ratio of each sample. If the type is 'matrix', then return the AP matrix, in which 'A' represents absent (the detect p-value less than threshold) and 'P' represents present.
如果类型是“探针”，然后返回每个探针presentCount。如果类型是“样本”，然后返回每个样品的检测探针的比例。如果类型是“矩阵”，然后返回AP的矩阵，其中“A”代表缺席（检测P-值超过阈值）和“P”代表出席。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du



参见----------See Also----------

lumiQ
lumiQ


举例----------Examples----------


## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)
## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

## estimate the detect call (percentage of expressed genes) of each sample[＃估计每个样品的检测通话（基因表达的百分比）]
temp <- detectionCall(example.lumi, type='sample')
print(temp)

## estimate the present count of each gene (probe)[＃估计，目前每一个基因的数量（探针）]
temp <- detectionCall(example.lumi, type='probe')
hist(temp)


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