R语言 LPE包 preprocess()函数中文帮助文档(中英文对照)

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preprocess(LPE)
preprocess()所属R语言包：LPE

                                         Preprocessing the data (IQR normalization, thresholding, log- transformation, and lowess normalization)
                                         预处理的数据（四分标准化，阈值，log改造和LOWESS标准化）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Finds inter-quartile range of the data = (75th percentile - 25th percentile), thresholds low intensity MAS4, MAS5 and dChip data to 1, then log transforms the data (base 2), and does lowess normalization  
发现间四分范围内的数据=（第75百分位 - 第25百分位），阈值低强度MAS4，MAS5和dChip数据为1，然后登录转换数据（基数为2），LOWESS标准化的


用法----------Usage----------


  preprocess(x, data.type="MAS5",threshold=1,LOWESS=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
x is the data-set which needs preprocessing.
x是需要预处理的数据集。


参数：data.type
Three types of data accepted in the current version : MAS4 (Microarray suite software) , MAS5 and dChip
三种类型，在当前版本中接受的数据：MAS4（芯片套房软件），MAS5和dChip


参数：threshold
threshold is the 'thresholding value' below which all data would be thresholded (default = 1).
阈值的阈值低于该值“的所有数据将阈值值（默认值= 1）。


参数：LOWESS
LOWESS is a logical variable which determines if lowess  normalization needs to be performed.
的LOWESS是一个逻辑变量，它决定是否LOWESS标准化需要执行。


值----------Value----------

Returns a data-set of same dimensions as that of the input data. It has  IQR normalization for MAS4 and MAS5 data. Low intensities of MAS4, MAS5 and dChip data are thresholded to 1. Then data is transformed to base 2. If LOWESS normalization parameter is set as TRUE, then lowess   normalization is performed.
返回一个数据作为输入数据的尺寸相同设置。它拥有IQR为MAS4和MAS5数据的标准化。低强度MAS4，MAS5和dChip数据阈值值1。然后数据被转化碱基2个。 LOWESS标准化的参数如果设置为TRUE，那么LOWESS标准化。


作者（S）----------Author(s)----------


Nitin Jain <a href="mailto:nitin.jain@pfizer.com">nitin.jain@pfizer.com</a>



参考文献----------References----------


differentially expressed genes with a small number of replicated microarrays, Bioinformatics, 1945-1951.


参见----------See Also----------

lpe
lpe


举例----------Examples----------


  library(LPE)
  # Loading the LPE library[载入液相库的]

  data(Ley)
  # Loading the data set[载入数据集]
  dim(Ley) #gives 12488 * 7[给12488 * 7]
  Ley[1:3,]

  Ley[1:1000,2:7] <- preprocess(Ley[1:1000,2:7],data.type="MAS5",
          threshold=1, LOWESS=TRUE)
  Ley[1:3,]


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