n.genes.adaptive.int(LPE)
n.genes.adaptive.int()所属R语言包：LPE
Calcuates the number of genes in various intervals adaptively.
自适应Calcuates基因在不同的时间间隔的数量。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Instead of dividing the genes equally in 100 intervals, this function divides them adaptively based on three rules: a) min. number of genes (default =10), b) max. number of genes = total/100; c) based on Median + fraction(SD) from the starting gene of each interval
而不是除以100间隔同样的基因，此功能分为自适应基于三个规则：A）分钟。基因的数量（默认值= 10），B）最大。基于中位数基因= total/100; C）+分数从开始每间隔基因（SD）
用法----------Usage----------
n.genes.adaptive.int(baseOlig.error.step1.res,
min.genes.int=10, div.factor=1)
参数----------Arguments----------
参数：baseOlig.error.step1.res
It is the result from baseOlig.error.step1 function.
它是从baseOlig.error.step1功能的结果。
参数：min.genes.int
It is the minimum number of genes in the interval, default=10.
它是最小的时间间隔，默认= 10的基因数量。
参数：div.factor
(1/div.factor) is the fraction of Standard Deviation which we wish to include in each interval to calculate number of genes in each interval
（1/div.factor）的标准偏差，我们希望包括在每个时间间隔来计算每个区间的基因数目的一小部分
值----------Value----------
Returns a vector respresenting the number of genes in each interval.
返回矢量respresenting的基因数量在每个时间间隔。
作者（S）----------Author(s)----------
Nitin Jain<a href="mailto:nitin.jain@pfizer.com">nitin.jain@pfizer.com</a>
参考文献----------References----------
differentially expressed genes with a small number of replicated microarrays, Bioinformatics, 1945-1951.
参见----------See Also----------
lpe
lpe
举例----------Examples----------
# Loading the library and the data[载入库和数据]
library(LPE)
data(Ley)
dim(Ley)
# Gives 12488 by 7[给12488由7]
Ley[1:3,]
# Returns [返回]
# ID c1 c2 c3 t1 t2 t3[ID C1 C2 C3 T1 T2 T3]
# 1 AFFX-MurIL2_at 4.06 3.82 4.28 11.47 11.54 11.34[1 AFFX-MurIL2_at 4.06 3.82 4.28 11.47 11.54 11.34]
# 2 AFFX-MurIL10_at 4.56 2.79 4.83 4.25 3.72 2.94[2 AFFX MurIL10_at 4.56 2.79 4.83 4.25 3.72 2.94]
# 3 AFFX-MurIL4_at 5.14 4.10 4.59 4.67 4.71 4.67[3 AFFX MurIL4_at 5.14 4.10 4.59 4.67 4.71 4.67]
Ley[1:1000,2:7] <- preprocess(Ley[1:1000,2:7],data.type="MAS5")
# Finding the baseline distribution of subset of the data[查找的数据子集基线分布]
# condition one (3 replicates)[条件之一（3次重复）]
var.1 <- baseOlig.error.step1(Ley[1:1000,2:4], q=0.01)
dim(var.1)
# Returns a matrix of 1000 by 2 (A,M) format[2（A，M模式）格式返回1000矩阵]
n.genes.subint <- n.genes.adaptive.int(var.1, min.genes.int=10, div.factor=1)
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 23:40:45
