getsLA-methods(LiquidAssociation)
getsLA-methods()所属R语言包：LiquidAssociation
Function to calculate the sLA test statistic for a given triplet data
对于一个给定的三重数据函数来计算的SLA测试统计
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
'getsLA' is used to calculate the sLA test statistic and correponding p value.
“getsLA”是用来计算的SLA测试统计和correponding p值。
参数----------Arguments----------
参数：object
An numerical matrix object with three columns or an object of ExpresionSet class with three features.
一个具有三列或对象三个特点ExpresionSet类的数值矩阵对象。
参数：boots
The number of bootstrap iterations for estimating the bootstrap standard error of sGLA. Default value is boots=30.
为引导迭代估计SGLA引导标准错误。默认值是靴子= 30。
参数：perm
The number of permutation iterations for generating the null distribution of the sGLA test statistic. Default is perm=100.
置换迭代产生SGLA检验统计量的零分布。默认是烫发= 100。
参数：dim
An index of the column for the gene to be treated as the third controller variable. Default is dim=3
第三控制器变量被视为一个基因的列的索引。默认昏暗= 3
参数：geneMap
A character vector with three elements representing the mapping between gene names and feature names (optional).
三个基因的名称和功能名称（可选）之间的映射元素代表一个字符向量。
Details
详情----------Details----------
The input object can be a numerical matrix with three columns with row representing observations and column representing three variables. It can also be an ExpressionSet object with three features. If input a matrix class data, all three columns of the object representing the variables should have column names. Each variable in the object will be standardized with mean 0 and variance 1 in the function. In addition, the third variable will be quantile normalized within the function. More detail example about the usage of geneMap is demonstrated in the vignette.
输入对象可以是一个三列与行代表的意见和列代表三个变量的数值矩阵。它也可以是一个具有三个特点ExpressionSet对象。如果输入一个矩阵类的数据，代表变量的对象应该有三列的列名。对象中的每个变量是在函数的均值为0，方差为1的标准化。此外，第三个变量将归位数内的功能。更多关于使用geneMap详细的例子证明中的小插曲。
值----------Value----------
'getsLA' returns a vector with two elements. The first element is the value of test statistic and second element is the corresponding p value. A more detailed interpretation of these values is illustrated in the vignette.
getsLA“返回有两个元素的向量。第一个元素是检验统计量的值，第二个元素是相应的p值。这些值的一个更详细的解释说明中的小插曲。
参见----------See Also----------
LA, getsGLA
LA，getsGLA
举例----------Examples----------
data<-matrix(rnorm(300), ncol=3)
colnames(data)<-c("Gene1", "Gene2", "Gene3")
sLAest<-getsLA(data, boots=20, perm=100)
sLAest
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 23:30:18
