volcanoplot(limma)
volcanoplot()所属R语言包：limma
Volcano Plot
火山图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Creates a volcano plot of log-fold changes versus log-odds of differential expression.
创建火山图的log倍的变化与差异表达的log赔率。
用法----------Usage----------
volcanoplot(fit, coef=1, highlight=0, names=fit$genes$ID, xlab="Log Fold Change", ylab="Log Odds", pch=16, cex=0.35, ...)
参数----------Arguments----------
参数：fit
an MArrayLM fitted linear model object
一个MArrayLM的拟合线性模型对象
参数：coef
integer giving the coefficient
整数，系数
参数：highlight
number of top genes to be highlighted
要强调顶级的基因数目
参数：names
character vector giving text labels for the probes to be used in highlighting
给探针的文字标签的特征向量用于突出
参数：xlab
character string giving label for x-axis
字符串给X轴的标签
参数：ylab
character string giving label for y-axis
为y轴的标签的字符串，
参数：pch
vector or list of plotting characters. Default is integer code 16 which gives a solid circle.
向量或列表绘制字符。默认是整数代码16给出了一个实心圆。
参数：cex
numeric vector of plot symbol expansions. Default is 0.35.
数字向量积符号扩展。默认值是0.35。
参数：...
any other arguments are passed to plot
任何其他参数传递plot的
Details
详情----------Details----------
A volcano plot is any plot which displays fold changes versus a measure of statistical significance of the change.
火山图倍变化与衡量统计学意义的变化显示任何图。
值----------Value----------
A plot is created on the current graphics device.
当前图形设备上创建一个图。
作者（S）----------Author(s)----------
Gordon Smyth
参见----------See Also----------
An overview of presentation plots following the fitting of a linear model in LIMMA is given in 06.LinearModels.
线性模型拟合在LIMMA演示图概述在06.LinearModels给出。
举例----------Examples----------
# See lmFit examples[lmFit例子]
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 23:29:01
