R语言 limma包 removeBatchEffect()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

removeBatchEffect(limma)
removeBatchEffect()所属R语言包：limma

                                        Remove Batch Effect
                                         删除批量的影响

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Remove batch effects from expression data.
卸下一批表达数据的影响。


用法----------Usage----------


removeBatchEffect(x,batch,batch2=NULL,design=matrix(1,ncol(x),1))



参数----------Arguments----------

参数：x
numeric matrix, or any object that can be coerced to a matrix by as.matrix(x), containing log-expression intensities for a series of microarrays. Rows correspond to probes and columns to arrays.
数字矩阵，或任何as.matrix(x)，包含log表达强度的系列芯片，可以强制矩阵的对象。行对应探针和列阵列。


参数：batch
a factor or vector indicating batches.
一个因素或矢量显示批次。


参数：batch2
an optional second batch factor or vector.
一个可选的第二批因素或向量。


参数：design
optional design matrix relating to treatment conditions to be preserved
可选的设计矩阵与被保留的治疗条件


Details

详情----------Details----------

This function is useful for removing batch effects, associated with hybridization time or other technical variables, prior to clustering or unsupervised analysis such as PCA or heatmaps. It is not intended to use with linear modelling. For linear modelling, it is better to include the batch factors in the linear model.
此功能有助于消除一批影响，杂交时间或其他技术变量，聚类或无监督分析，如PCA或热图前。它不打算使用线性模型。对于线性模型，它是更好的，包括线性模型中的一批因素。

The design matrix is used to describe comparisons between the samples, for example treatment effects, which should not be removed.
设计矩阵用来描述样本之间的比较，例如治疗效果，这不应该被删除。

The function (in effect) fits a linear model to the data, including both batches and regular treatments, then removes the component due to the batch effects.
功能（效果）适合以线性模型的数据，包括批次和常规治疗，然后删除组件，由于一批影响。


值----------Value----------

A numeric matrix of log-expression values with batch effects removed.
一批影响的数值矩阵的log表达式的值删除。


作者（S）----------Author(s)----------


Gordon Smyth and Carolyn de Graaf



参见----------See Also----------

05.Normalization
05.Normalization

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。