propexpr(limma)
propexpr()所属R语言包：limma
Estimate Proportion of Expressed Probes
预算的比例列示探针
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Estimate the proportion of microarray probes which are expressed in each array.
估计表示每个阵列芯片探针的比例。
用法----------Usage----------
propexpr(x, neg.x=NULL, status=x$genes$Status, labels=c("negative","regular"))
参数----------Arguments----------
参数：x
matrix or similar object containing raw intensities for a set of arrays.
矩阵或类似的对象，它包含一套数组原始强度。
参数：neg.x
matrix or similar object containing raw intensities for negative control probes for the same arrays. If NULL, then negative controls must be provided in x.
矩阵或类似的对象，其中包含阴性对照相同的阵列探针原始强度。 NULL如果，然后阴性对照必须在x。
参数：status
character vector giving probe types.
探针类型的特征向量。
参数：labels
character vector giving probe type identifiers.
探针类型标识符的字符向量。
Details
详情----------Details----------
This function estimates the proportion of expressed in a microarray by utilizing the negative control probes. Illumina BeadChip arrays contain 750~1600 negative control probes. The expression profile of these control probes can be saved to a separate file by the Illumina BeadStudio software when using it to output the expression profile for regular probes. The control probe profile could be re-generated if it was not generated when the regular probe profile was created by BeadStudio. Other microarray platforms can also use this function to estimate the proportion of expressed probes in each array, provided that they have a set of negative control probes.
这个函数估计的比例利用阴性对照探针在一个芯片中。 Illumina的BeadChip阵列包含750~1600阴性对照探针。这些控制探针的表达谱可以保存到单独的文件由Illumina公司BeadStudio软件，使用它的时候到输出定期探针的基因表达谱。控制探针配置文件，可以重新生成的，如果它不产生时定期探针轮廓BeadStudio创建的。其他芯片平台还可以使用此功能来估计的比例在每个数组表示的探针，只要他们有一组阴性对照探针。
labels can include one or two probe type identifiers. Its first element should be the identifier for negative control probes (negative by default). If labels only contains one identifier, then it will be assumed to contain the identifier for negative control probes. By default, regular is the identifier for regular probes.
labels可以包括一个或两个探针类型标识符。它的第一个元素应该为阴性对照探针（negative默认情况下）的标识符。如果labels只包含一个标识符，然后将假定为阴性对照探针包含标识符。默认情况下，regular是定期探针的标识符。
值----------Value----------
Numeric vector giving the proportions of expressed probes in each array.
数值向量表示每个阵列探针的比例。
作者（S）----------Author(s)----------
Wei Shi and Gordon Smyth
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
Description to the control probes in Illumina BeadChips can be found in read.ilmn.
Illumina的BeadChips控制探针的描述，可以发现在read.ilmn。
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
x <- read.ilmn(files="sample probe profile.txt",ctrlfiles="control probe profile.txt")
propexpr(x, )
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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发表于 2012-2-25 23:23:36
