R语言 limma包 getLayout()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getLayout(limma)
getLayout()所属R语言包：limma

                                        Extract the Print Layout of an Array from the GAL File
                                         从GAL文件提取阵列的打印布局

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

From the Block, Row and Column information in a genelist, determine the number of grid rows and columns on the array and the number of spot rows and columns within each grid.
从块，行和列在genelist信息，确定网格行和列的阵列和现场每个网格内的行和列的数目。


用法----------Usage----------


getLayout(gal, guessdups=FALSE)
getLayout2(galfile)
getDupSpacing(ID)



参数----------Arguments----------

参数：gal
data.frame containing the GAL, i.e., giving the position and gene identifier of each spot
数据框包含的GAL，即给予每个点的位置和基因标识


参数：galfile
name or path of GAL file
GAL的文件名称或路径


参数：guessdups
logical, if TRUE then try to determine number and spacing of duplicate spots, i.e., within-array replicates
逻辑，如果TRUE然后尝试确定重复的点，即数量和间距，阵内复制


参数：ID
vector or factor of gene IDs
向量或因子基因的ID


Details

详情----------Details----------

A GenePix Array List (GAL) file is a list of genes and associated information produced by an Axon microarray scanner. The function getLayout determines the print layout from a data frame created from a GAL file or gene list. The data.frame must contain columns Block, Column and Row. (The number of tip columns is assumed to be either one or four.)
一个GenePix数组列表（GAL）中的文件是一个轴突微阵列扫描仪产生的基因和相关信息的列表。功能getLayout决定从GAL文件或基因列表创建了一个数据框的打印布局。数据框必须包含列Block，Column和Row。 （尖端列数被认为是其中一个或四个）。

On some arrays, each probe may be duplicated a number of times (ndups) at regular intervals (spacing) in the GAL file. getDupSpacing determines valid values for ndups and spacing from a vector of IDs. If guessdups=TRUE, then getLayout calls getDupSpacing.
在某些阵列，每个探针可重复多次（ndups）定期在GAL文件（spacing）。 getDupSpacing确定ndups和spacing从向量的ID有效值。如果guessdups=TRUE，则getLayout要求getDupSpacing。

The function getLayout2 attempts to determine the print layout from the header information of an actual GAL file.
的功能getLayout2试图确定从实际GAL文件头信息打印布局。


值----------Value----------

A printlayout object, which is a list with the following components. The last two components are present only if guessdups=TRUE.
一个printlayout对象，这是由以下部分组成的名单。最后两个组件都存在只有guessdups=TRUE的。


参数：ngrid.r
integer, number of grid rows on the arrays
整数，网格行数，阵列上


参数：ngrid.c
integer, number of grid columns on the arrays
整数，数字阵列上的网格列


参数：nspot.r
integer, number of rows of spots in each grid
整数，在每个网格点的行


参数：nspot.c
integer, number of columns of spots in each grid
整数，在每个网格点列数


参数：ndups
integer, number of times each probe is printed on the array
整数，次数上印有每个探针阵列


参数：spacing
integer, spacing between multiple printings of each probe
整数，每个探针的多个印刷之间的间距


作者（S）----------Author(s)----------


Gordon Smyth and James Wettenhall



参见----------See Also----------

An overview of LIMMA functions for reading data is given in 03.ReadingData.
在03.ReadingData一个读取数据LIMMA功能的概述。


举例----------Examples----------


# gal &lt;- readGAL()[加仑< -  readGAL的（）]
# layout &lt;- getLayout(gal)[布局< -  getLayout（GAL）]

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