R语言 limma包 03.ReadingData()函数中文帮助文档(中英文对照)

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03.ReadingData(limma)
03.ReadingData()所属R语言包：limma

                                        Reading Microarray Data from Files
                                         从文件中读取芯片数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This help page gives an overview of LIMMA functions used to read data from files.
此帮助页面提供了一个用于从文件中读取数据的LIMMA功能的概述。


阅读目标信息----------Reading Target Information----------

The function readTargets is designed to help with organizing information about which RNA sample is hybridized to each channel on each array and which files store information for each array.
功能readTargets旨在帮助组织哪些RNA样品杂交在每个阵列和文件，为每个阵列存储信息，每个通道的信息。


阅读强度数据----------Reading Intensity Data----------

The first step in a microarray data analysis is to read into R the intensity data for each array provided by an image analysis program. This is done using the function read.maimages.
在一个芯片数据分析的第一步是到R读取图像分析程序所提供的每个阵列的强度数据。这是通过使用功能read.maimages。

read.maimages optionally constructs quality weights for each spot using quality functions listed in QualityWeights.
read.maimages选择性地构建质量重量为每个点使用在QualityWeights上市的质量职能。

If the data is two-color, then read.maimages produces an RGList object. If the data is one-color (single channel) then an EListRaw object is produced. In either case, read.maimages stores only the information required from each image analysis output file. read.maimages uses utility functions removeExt, read.imagene and read.columns. There are also a series of utility functions which read the header information from image output files including readGPRHeader, readImaGeneHeader and readGenericHeader.
如果数据是两色，然后read.maimages生产RGList对象。如果数据是一个颜色（单声道），然后EListRaw对象产生。在这两种情况下，read.maimages只存储每个图像分析输出文件所需的信息。 read.maimages使用实用功能removeExt，read.imagene和read.columns。也有一系列的实用功能，读取图像输出文件头信息，包括readGPRHeader，readImaGeneHeader和readGenericHeader。

read.ilmn reads probe or gene summary profile files from Illumina BeadChips, and produces an ElistRaw object.
read.ilmn读取基因探针或总结Illumina的BeadChips profile文件，并产生ElistRaw对象。

The function as.MAList can be used to convert a marrayNorm object to an MAList object if the data was read and normalized using the marray and marrayNorm packages.
可用于转换功能as.MAListmarrayNorm对象MAList对象，如果数据读取和规范化使用的marray和marrayNorm包。


阅读的基因名单----------Reading the Gene List----------

Most image analysis software programs provide gene IDs as part of the intensity output files, for example GenePix, Imagene and the Stanford Microarray Database do this. In other cases the probe ID and annotation information may be in a separate file. The most common format for the probe annotation file is the GenePix Array List (GAL) file format. The function readGAL reads information from a GAL file and produces a data frame with standard column names.
大多数图像分析软件程序提供强度输出文件的一部分基因标识，例如GenePix，Imagene和斯坦福芯片数据库做到这一点。在其他情况下，探针ID和注释信息可能是在一个单独的文件。探针注释文件格式最常见的是GenePix数组列表（GAL）中的文件格式。功能readGAL从GAL文件读取信息并产生一个标准的列名的数据框。

The function getLayout extracts from the GAL-file data frame the print layout information for a spotted array. The functions gridr, gridc, spotr and spotc use the extracted layout to compute grid positions and spot positions within each grid for each spot. The function printorder calculates the printorder, plate number and plate row and column position for each spot given information about the printing process. The utility function getSpacing converts character strings specifying spacings of duplicate spots to numeric values.
函数getLayout从GAL的文件数据框中提取的斑点阵列的打印布局信息。职能gridr，gridc，spotr和spotc使用提取的布局，以计算每个点的发车位置，在每个网格点的位置。功能printorder计算每个点给予有关印刷过程中的信息的printorder，车牌号码和板行和列的位置。效用函数getSpacing转换字符串指定的数值重复点的间距。

The Australian Genome Research Facility in Australia often produces GAL files with composite probe IDs or names consisting of multiple strings separated by a delimiter. These can be separated into name and annotation information using strsplit2.
澳大利亚在澳大利亚基因组研究基金通常会产生复合探针由一个分隔符分隔的多个字符串组成的ID或名称的GAL文件。这些可分为名称和注释信息，使用strsplit2。

If each probe is printed more than once of the arrays in a regular pattern, then uniquegenelist will remove duplicate names from the gal-file or gene list.
如果每个探针不止一次印在规律的阵列，然后uniquegenelist会加仑文件或基因列表中删除重复的名称。


识别控制景点----------Identifying Control Spots----------

The functions readSpotTypes and controlStatus assist with separating control spots from ordinary genes in the analysis and data exploration.
职能readSpotTypes和controlStatus协助分离从普通的基因分析和数据勘探的控制点。


操纵数据对象----------Manipulating Data Objects----------

cbind, rbind, merge allow different RGList or MAList objects to be combined. cbind combines data from different arrays assuming the layout of the arrays to be the same. merge can combine data even when the order of the probes on the arrays has changed. merge uses utility function makeUnique.
cbind，rbind，merge允许不同的RGList或MAList对象结合。 cbind结合数据从不同的阵列，假设阵列的布局是相同的。 merge甚至阵列探针的顺序改变时，可以结合数据。 merge使用效用函数makeUnique。


作者（S）----------Author(s)----------


Gordon Smyth

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