R语言 KEGGSOAP包 list.organisms()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

list.organisms(KEGGSOAP)
list.organisms()所属R语言包：KEGGSOAP

                                        Client-side interface to obtain the names of organisms
                                         客户端接口，以获得生物体的名称

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions provides an R interface to allow users to get the names/ids of organisms, databases, pathways that are available through KEGG SOAP services.
这些功能提供了一个R接口，以允许用户得到的生物体，数据库，途径是通过KEGG SOAP服务的名称/ IDS。


用法----------Usage----------


list.organisms()
list.pathways(org)
list.databases()



参数----------Arguments----------

参数：org
org a character string for the id used by KEGG for organisms. The organism ids are normally three-letter codes with the first letter being the first letter of the genus name and the rest being the first two letters of the species name of the scientic name of the organism of concern
org生物体KEGG使用的ID字符串。有机体的IDS通常是三个字母的代码与属名的第一个字母的第一字母，其余是关注的有机体的科学化名称的物种名称的头两个字母


Details

详情----------Details----------

Some queries agsinst the KEGG databases require abbreviations of organisms supported by KEGG. Although the abbreviations normally consist of three letters by truncating the first letter of the genus name and the first two letters of the species name (e. g. hsp for Homo sapiens), list.organisms obtains the abbreviations using the service provided by KEGG SOAP to make sure the abbreviations are correct and the organisms are indeed supported by KEGG databases.
agsinst KEGG数据库查询需要的KEGG支持生物体的缩写。虽然通常的缩写，三个字母组成，截断属名的第一个字母和种名的前两个字母（如智人HSP），list.organisms获得缩写使用KEGG SOAP来提供的服务确保缩写是正确的，生物体确实KEGG数据库的支持。


值----------Value----------

list.organisms returns a named vector with names of the vector being the scientific names and the values of the vector being the abbreviations used by KEGG for the organisms supported by the databases.
list.organisms返回的学名和向量KEGG数据库支持生物所使用的缩写值向量的名字命名的向量。

list.pathways returns a named vector with names of the vector being textual descriptions of KEGG pathways and the values of the vector being the ids used by KEGG to represent pathways.
list.pathways返回KEGG通路和KEGG代表途径使用的ID向量的价值观的文字描述的矢量的名字命名的向量。

list.databases returns  
list.databases回报


作者（S）----------Author(s)----------


Jianhua Zhang



参考文献----------References----------

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。