R语言 KEGGSOAP包 get.ko.by.gene()函数中文帮助文档(中英文对照)

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get.ko.by.gene(KEGGSOAP)
get.ko.by.gene()所属R语言包：KEGGSOAP

                                        Client-side interfaces to obtain the KEGG ko ids for a pathway
                                         客户端接口来获取的的KEGG高ID的途径

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a KEGG pathway ko identifier, the functions query the KEGG PATHWAY database for all the pathway id or vice versa.
鉴于高标识符1 KEGG通路，功能KEGG通路数据库查询所有通路ID或反之亦然。


用法----------Usage----------


get.ko.by.gene(genes.id)
get.ko.by.ko.class(ko.class.id)
get.genes.by.ko.class(ko.class.id, org , offset, limit)
get.genes.by.ko(ko.id, org)
get.kos.by.pathway(pathway.id)
get.pathways.by.kos(ko.id.list, org)



参数----------Arguments----------

参数：genes.id
a vector of gene IDs
基因标识向量


参数：ko.id
a vector of ko IDs
高ID的向量


参数：ko.class.id
a vector of ko class IDs
高类ID向量


参数：pathway.id
pathway.id a character string for a KEGG pathway id. KEGG pathway ids consist of the string path followed by a colon, a three-letter code for the organism of concern, and then a number (e. g. "path:eco00020"). The three-letter organism code consists of the first letter of the genus name and the first two letters of the species name of the scientific name of the organism of concern
pathway.id为KEGG通路ID字符串。 KEGG通路的ID字符串路径，后跟一个冒号，一个生物体的关注的三个字母的代码，然后一个数字（如“路径：eco00020”）。三个字母的有机体代码由属名的第一个字母和关注的有机体的学名的种名的前两个字母


参数：ko.id.list
pathway.id a vector of KEGG ko IDs.
pathway.idKEGG高ID的向量。


参数：org
pathway.id a string containing the three letter KEGG prefix to use in looking up the IDs
pathway.id一个字符串包含三个字母KEGG仰视的ID前缀使用


参数：offset
an offset
偏移


参数：limit
how many
多少


值----------Value----------

The functions return a vector or a named list of values depending on what the function is supposed to retrieve.
函数返回一个向量或指定的值取决于什么功能应该检索列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Marc Carlson



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


        ko <- get.ko.by.gene("eco:b0002")
        ko <- get.ko.by.ko.class("00524")
        genes <- get.genes.by.ko.class("00903", "hsa" , 1, 100)
        genes <- get.genes.by.ko("ko:K12524", "eco")
        kos <- get.kos.by.pathway("path:hsa00010")
        pathways <- get.pathways.by.kos(c("ko:K00016","ko:K00382"), "hsa")

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