R语言 KEGGSOAP包 get.genes.by.pathway()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

get.genes.by.pathway(KEGGSOAP)
get.genes.by.pathway()所属R语言包：KEGGSOAP

                                        Client-side interface to obtain the KEGG ids for genes/enzymes/compounds/reactions that are involved in the
                                         客户端接口来获取KEGG IDS基因/酶/化合物/中所涉及的反应

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a KEGG pathway identifier, the functions query the KEGG PATHWAY database for all the genes/enzymes/compounds/reactions that that are involved in the interactions in the specified pathway.
鉴于KEGG通路标识符，功能查询所有基因/酶/化合物/反应，在指定通路的相互作用涉及KEGG通路数据库。


用法----------Usage----------


get.genes.by.pathway(pathway.id)
get.enzymes.by.pathway(pathway.id)
get.compounds.by.pathway(pathway.id)
get.reactions.by.pathway(pathway.id)



参数----------Arguments----------

参数：pathway.id
pathway.id a character string for a KEGG pathway id. KEGG pathway ids consist of the string path followed by a colon, a three-letter code for the organism of concern, and then a number (e. g. "path:eco00020"). The three-letter organism code consists of the first letter of the genus name and the first two letters of the species name of the scientific name of the organism of concern  
pathway.id为KEGG通路ID字符串。 KEGG通路的ID字符串路径，后跟一个冒号，一个生物体的关注的三个字母的代码，然后一个数字（如“路径：eco00020”）。三个字母的有机体代码由属名的第一个字母和关注的有机体的学名的种名的前两个字母


Details

详情----------Details----------

KEGG pathway identifiers for a given organism can be obtained using function list.pathways
获得某一生物体KEGG通路标识符可以使用函数list.pathways


值----------Value----------

The functions return a vector of KEGG gene/enzyme/compound/reation ids found in the pathway
该函数返回一个KEGG途径发现的基因/酶/复合/ reation IDS的向量


作者（S）----------Author(s)----------


Jianhua Zhang



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


        genes <- get.genes.by.pathway("path:eco00020")
        enzymes <- get.enzymes.by.pathway("path:eco00020")
        compounds <- get.compounds.by.pathway("path:eco00020")
        reactions <- get.reactions.by.pathway("path:eco00020")

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。