R语言 KEGGSOAP包 get.genes.by.motifs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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get.genes.by.motifs(KEGGSOAP)
get.genes.by.motifs()所属R语言包：KEGGSOAP

                                        Client-side interface to obtain the name of genes that contain
                                         客户端接口，以获得包含的基因的名称

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a set of motif ids, the function searches the databases implied by the motif ids for genes containing the motifs specified by the motif ids.
该函数鉴于图案IDS，搜索包含指定的图案主题IDS基因隐含的主题IDS数据库。


用法----------Usage----------


get.genes.by.motifs(motif.id.list, start, max.results)



参数----------Arguments----------

参数：motif.id.list
motif.id.list a vector of character strings for the ids of the motifs that are conserved by genes across organisms
motif.id.list的图案是保守的ID字符串由基因的向量，整个生物体


参数：start
startan integer to indicate the location of the entry in the query results from which the results will be extracted and returned
start一个整数来表示条目的查询结果中的位置将被提取并返回结果


参数：max.results
max.results an integer to indicate the maximum number of entries that will be extracted from the query results and returned
max.results整数表示从查询结果将提取的最大条目数，并返回


Details

详情----------Details----------

KEGG seems to have two ways of defining the ids for motifs. One is the motif ids obtained through get.motifs.by.gene, where pfam, tfam, pspt, pspf are used for the Pfam, TIGRFAM, PROSITE pattern, and PROSITE profile database, respectively and for the first part of a motif id (e. g. pfam:aakinase). Another is the motif ids used to query the databases for genes that contain the motif, where only the first two letters of the abbreviations for databases form the first part of a motif id (e. g. pf:aakinase)  
，KEGG似乎有两种方式定义为图案的ID。一个是通过get.motifs.by.gene，PFAM，TFAM，PSPT，pspf PFAM，TIGRFAM，PROSITE模式，PROSITE配置文件数据库，分别为第一部分的主题ID（例如PFAM获得主题的ID ：aakinase）。另一种是主题的ID用于查询数据库的基因包含的主题，只有前两个数据库的缩写字母组成的第一部分的主题ID（例如PF：aakinase）的


值----------Value----------

The function returns a named vector with the names of the vector being the textual definition of genes and values of the vector being the ids used by KEGG to represent genes
该函数返回与作为向量的基因和KEGG代表基因所用的ID向量的价值观的文本定义的名字命名的向量


作者（S）----------Author(s)----------


Jianhua Zhang



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


        genes <- get.genes.by.motifs(c("pfnaJ", "psNAJ_2"), 1, 10)

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