R语言 keggorthology包 getKOprobes()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getKOprobes(keggorthology)
getKOprobes()所属R语言包：keggorthology

                                        obtain probe set IDs associated with a KO term  
                                         获得探针组标识与KO任期

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

obtain probe set IDs associated with a KO term
获得探针组标识与KO任期


用法----------Usage----------


getKOprobes(str, useAcc=TRUE, plat="hgu95av2", na.action=na.omit)



参数----------Arguments----------

参数：str
string giving a KEGG orthology term
字符串给人一种KEGG直向术语


参数：useAcc
logical – use all accessible terms?
逻辑 - 使用一切方便条件？


参数：plat
platform corresponding to a bioconductor annotation package, e.g., hgu95av2.db
平台对应一个bioconductor注解包，例如，hgu95av2.db


参数：na.action
function for dealing with NA
函数处理与Na


Details

详情----------Details----------

Based on keggorthology read of KEGG orthology, March 2 2010. Specifically, we run wget on ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/brite/ko/ko00001.keg and use parsing and modeling code given in inst/keggHTML to generate a data frame respecting the hierarchy, and then keggDF2graph to construct the graph.
基于对keggorthology读KEGG直向，2010年3月2日。具体来说，我们运行的wget的ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/brite/ko/ko00001.keg和使用解析和建模INST / keggHTML的代码生成一个数据框尊重层次上，然后 keggDF2graph构造图。

Looks up the requested term and gives back the unique probe set ids on the platform.
看起来要求术语还给独特的探针一套IDS平台上。


值----------Value----------

character vector, typically processed by na.omit
特征向量，通常由na.omit处理


作者（S）----------Author(s)----------


Vince Carey <stvjc@channing.harvard.edu>



举例----------Examples----------


getKOtags("insulin")
es =  acc(KOgraph, "Endocrine System")
nm = names(es[[1]])
nm
esp = lapply(nm, getKOprobes)
names(esp) = nm
sapply(esp, length)

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