R语言 KEGGgraph包 translateKEGGID2GeneID()函数中文帮助文档(中英文对照)

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translateKEGGID2GeneID(KEGGgraph)
translateKEGGID2GeneID()所属R语言包：KEGGgraph

                                         Translate between KEGGID and Entrez Gene ID
                                         之间的转换KEGGID和Entrez基因身份证

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

translateKEGGID2GeneID translates KEGGID to NCBI Entrez Gene ID, and translateGeneID2KEGGID translates Entrez Gene ID back to KEGGID.
translateKEGGID2GeneID转换KEGGID NCBI Entrez基因身份证，和translateGeneID2KEGGID转化Entrez基因身份证到KEGGID。


用法----------Usage----------


translateKEGGID2GeneID(x, organism="hsa")
translateGeneID2KEGGID(x, organism="hsa")



参数----------Arguments----------

参数：x
KEGGID, e.g. 'hsa:1432', or Entrez Gene ID, e.g. '1432'  
KEGGID，例如： “HSA：1432，或Entrez基因身份证，例如1432


参数：organism
Three alphabet code for organisms. The mapping between the orgniams and codes can be found at http://www.genome.jp/kegg/kegg3.html
生物体的三个字母代码。可以发现的orgniams和代码之间的映射在http://www.genome.jp/kegg/kegg3.html


Details

详情----------Details----------

The KEGGID are unique identifiers used by KEGG PATHWAY to identify gene products. After parsing the KEGG pathway into graph, the graph use KEGGID as its nodes' names.
KEGGID是KEGG通路的唯一标识符用来确定基因产物。 KEGG通路解析成图后，图使用KEGGID的节点名称。

translateKEGGID2GeneID converts KEGGIDs into entrez GeneID, which can be translated to other types of identifiers, for example with biomaRt package or organism-specific annotation packages. See vignette for examples.
translateKEGGID2GeneID转换成GeneID Entrez的，它可以转化为其他类型的标识符，例如biomaRt包或生物体的特定注解包，KEGGIDs。参见例子小品文。

translateKEGG2GeneID is maintained for back-compatibility and wrapps translateKEGGID2GeneID.
translateKEGG2GeneID保持向后兼容性和wrappstranslateKEGGID2GeneID。


值----------Value----------

Entrez GeneID of the given KEGG ID(s)
Entrez的GeneID给定的KEGG ID（S）


注意----------Note----------

This function works so far only with human KEGGIDs, since for them the Entrez GeneID can be derived easily with removing the organism prefix.
这个功能到目前为止，只有人力KEGGIDs，因为他们Entrez的GeneID可以消除生物体的前缀派生容易。

The complete functional function will be implemented in the later release of the package.
完整功能的功能将实现在更高版本的包。


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang



举例----------Examples----------


egNodes <- c("hsa:1432", "hsa:11072")
translateKEGGID2GeneID(egNodes)
translateGeneID2KEGGID("1432")

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