R语言 KEGGgraph包 queryKEGGsubgraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

queryKEGGsubgraph(KEGGgraph)
queryKEGGsubgraph()所属R语言包：KEGGgraph

                                         Query the subgraph of a given KEGG graph with Entrez GeneID (s)
                                         Entrez的GeneID（S）的查询与子一个KEGG图的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a list of genes (identified by Entrez GeneID), the function subsets the given KEGG gragh of the genes as nodes (and maintaining all the edges between).
鉴于基因（Entrez的GeneID确定），功能子集为节点（和维护所有的边缘之间）的基因KEGG gragh。


用法----------Usage----------


queryKEGGsubgraph(geneids, graph, organism = "hsa", addmissing = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：geneids
A vector of Entrez GeneIDs  
Entrez的GeneIDs向量


参数：graph
A KEGG graph  
一个KEGG图


参数：organism
a three-alphabet code of organism  
一个有机体的三个字母代码


参数：addmissing
logical, in case the given gene is not found in the graph, should it be added as single node to the subgraph?
逻辑，在特定基因的情况下未在图中发现，它应该被添加单个节点的子吗？


Details

详情----------Details----------

This function solves the questions like 'How is the list of gene interact with each other in the context of pathways?'
此功能可以解决类似的问题“名单的基因是如何相互影响的途径的情况下？”

Limited by the translateKEGGID2GeneID, this function supports only human for now. We are working to include other organisms.
由的translateKEGGID2GeneID有限，此功能支持目前只有人类。我们正在努力包括其他生物。

If 'addmissing' is set to TRUE, the missing gene in the given list will be added to the returned subgraph as single nodes.
如果addmissing设置TRUE，在给定列表中丢失的基因将被添加到单个节点返回子。


值----------Value----------

A subgraph with nodes representing genes and edges representing interactions.
一个代表代表相互作用的基因和边缘节点的子。


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang <jitao_david.zhang@roche.com>



参见----------See Also----------

translateGeneID2KEGGID
translateGeneID2KEGGID


举例----------Examples----------


sfile <- system.file("extdata/hsa04010.xml",package="KEGGgraph")
gR <- parseKGML2Graph(sfile,expandGenes=TRUE)
geneids <- c(5594, 5595, 6197, 5603, 1843,5530, 5603)
sub <- queryKEGGsubgraph(geneids, gR)
if(require(Rgraphviz) &amp;&amp; interactive()) {
  plot(sub, "neato")
}

## add missing nodes[＃添加缺少的节点]
list2 <- c(geneids, 81029)
sub2 <- queryKEGGsubgraph(list2, gR,addmissing=TRUE)
if(require(Rgraphviz) &amp;&amp; interactive()) {
  plot(sub2, "neato")
}

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。