R语言 KEGGgraph包 plotKEGGgraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotKEGGgraph(KEGGgraph)
plotKEGGgraph()所属R语言包：KEGGgraph

                                         Plot KEGG graph with Rgraphviz
                                         图KEGG图与Rgraphviz

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function provides a simple interface to Rgraphviz to render KEGG graph with custom styles.
该功能提供了一个Rgraphviz简单的界面，自定义样式呈现KEGG图。

KEGGgraphLegend gives the legend of KEGG graphs
KEGGgraphLegend给KEGG图的传说


用法----------Usage----------


plotKEGGgraph(graph, y = "neato", shortLabel = TRUE,
useDisplayName=TRUE, nodeRenderInfos,  ...)
KEGGgraphLegend()



参数----------Arguments----------

参数：graph
A KEGG graph, by calling parseKGML2Graph  
一个，KEGG图，调用parseKGML2Graph


参数：y
the layout method, neato by default  
布局方法，neato默认情况下，


参数：shortLabel
logical, should be short label used instead of full node name?
逻辑，应该是短期的标签，而不是完整的节点名称使用？


参数：useDisplayName
logical, should the labels of nodes rendered as the 'display name' specified in the KGML file or render them simply with the node names?
逻辑，应该呈现“显示名称”指定的在KGML文件或渲染节点名称节点的标签吗？


参数：nodeRenderInfos
List of node rendering info
节点渲染信息列表


参数：...
Other functions passed to renderGraph, not implemented for now
其他传递到renderGraph的功能，而不是现在实施


Details

详情----------Details----------

Users are not restricted to this function, alternatively you can choose other rendering functions.
用户不仅限于此功能，或者你可以选择其他的渲染功能。


值----------Value----------

The graph after layout and rendering is returned.
返回后的布局和渲染图。


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang <a href="mailto:jitao_david.zhang@roche.com">mailto:jitao_david.zhang@roche.com</a>



举例----------Examples----------


opar <- par(ask=TRUE)
sfile <- system.file("extdata/hsa04010.xml",package="KEGGgraph")
gR <- parseKGML2Graph(sfile,expandGenes=TRUE)
subs <-  c("hsa:1432",edges(gR)$`hsa:1432`,"hsa:5778","hsa:5801","hsa:84867","hsa:11072","hsa:5606","hsa:5608","hsa:5494","hsa:5609")
gR.sub <- subGraph(subs, gR)
if(require(Rgraphviz))
  plotKEGGgraph(gR.sub)

KEGGgraphLegend()
par(opar)

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注：
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