R语言 KEGGgraph包 parseKGML2DataFrame()函数中文帮助文档(中英文对照)

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parseKGML2DataFrame(KEGGgraph)
parseKGML2DataFrame()所属R语言包：KEGGgraph

                                        Parse KGML file into a data frame
                                         解析KGML文件到一个数据框

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function extends the parseKGML2Graph function, by converting the resulting graph into a three-column data frame representing out-nodes (the from column in the data frame), in-nodes (to) and subtypes of edges that connect them (subtype). It can be used, for example, for exporting KEGG pathway networks in plain text files.
此功能延伸parseKGML2Graph功能，生成的图形转换成一个三列的数据代表了节点（from列在数据框）帧，节点（to ）和连接它们的边缘亚型（subtype）。例如，它可以用来为出口KEGG通路网络在纯文本文件。


用法----------Usage----------


parseKGML2DataFrame(file, ...)



参数----------Arguments----------

参数：file
A KGML file
一个KGML文件


参数：...
Other parameters passed to KEGGpathway2Graph
其他参数传递KEGGpathway2Graph


Details

详情----------Details----------

The out- and in-nodes are represented in the form of KEGG identifiers. For human EntrezIDs the function translateKEGGID2GeneID can be used.
出节点KEGG标识符的形式表示。为人类EntrezIDs的功能translateKEGGID2GeneID可用于。

Multile edges are supported: in case more than one subtypes of edges exist between two nodes, they are all listed in the resulting data frame.
支持多重边缘的情况下，在多个亚型边的两个节点之间存在的，它们都列出了导致数据框。


值----------Value----------

A three-column data frame, representing the graph structure: out-nodes (the from column), in-nodes (to) and edge
一个三列的数据框，代表图形结构：出节点（from列），节点（to）和边缘


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang



参见----------See Also----------

parseKGML2Graph, KEGGpathway2Graph and translateKEGGID2GeneID.
parseKGML2Graph，KEGGpathway2Graph和translateKEGGID2GeneID。


举例----------Examples----------


sfile <- system.file("extdata/hsa04010.xml",package="KEGGgraph")
gdf <- parseKGML2DataFrame(sfile)
head(gdf)
dim(gdf)

## not expanding genes: only the KGML-specific identifiers are used then[＃不扩大基因只有KGML特定的标识符，然后使用]
## only for expert use[＃仅适用于专家使用]
## NOT RUN[＃无法运行]
gdf.ne <- parseKGML2DataFrame(sfile, expandGenes=FALSE)
dim(gdf.ne)
head(gdf.ne)
## NOT RUN[＃无法运行]

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