R语言 KCsmart包 findSigLevelTrad()函数中文帮助文档(中英文对照)

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findSigLevelTrad(KCsmart)
findSigLevelTrad()所属R语言包：KCsmart

                                         Find significance level
                                         寻找显着性水平

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Method to find the cutoff at which gains and losses are considered significant using permutations
方法找到盈亏被认为是显着的使用排列截止


用法----------Usage----------


findSigLevelTrad(data, observedSpm, n = 1, p = 0.05, maxmem = 1000)



参数----------Arguments----------

参数：data
aCGH data in the same format as used for 'calcSpm'  
aCGH在相同的格式数据用于calcSpm


参数：observedSpm
A sample point matrix as produced by 'calcSpm'
一个由“calcSpm制作的采样点矩阵


参数：n
Number of permutations  
排列数


参数：p
Alpha level for significance  
α水平的意义


参数：maxmem
This parameter controls memory usage, set to lower value to lower memory consumption  
此参数控制内存的使用，设置为较低的值，以较低的内存消耗


Details

详情----------Details----------

The number of permutations needed for reliable results depends on the data and can not be determined beforehand. As a general rule-of-thumb around 100 permutations should be used for 'quick checks' and around 2000 permutations for more rigorous testing.
可靠的结果，需要置换的数量取决于数据并不能事先确定。作为一般规则的拇指约100排列，应使用“快速检查”，更严格的测试，在2000年左右排列。

p is the uncorrected alpha level, the method corrects for multiple testing internally using simple Bonferroni correction. See the referenced publication for more details.
p是裸α水平，为多个内部使用简单的Bonferroni校正测试方法纠正。更多细节，请参阅参考刊物。


值----------Value----------

A list with the cutoffs corresponding to the given alpha level
对应给定α水平的截止名单


参数：pos
The cutoff for the gains
截止收益


参数：neg
The cutoff for the losses'
截止的损失


作者（S）----------Author(s)----------


Jorma de Ronde



参见----------See Also----------

plotScaleSpace
plotScaleSpace


举例----------Examples----------


data(hsSampleData)
data(hsMirrorLocs)

spm1mb <- calcSpm(hsSampleData, hsMirrorLocs)

sigLevel1mb <- findSigLevelTrad(hsSampleData, spm1mb, n=3)

plot(spm1mb, sigLevels=sigLevel1mb)
plotScaleSpace(list(spm1mb), list(sigLevel1mb), type='g')

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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