R语言 KCsmart包 compareSpmCollection()函数中文帮助文档(中英文对照)

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compareSpmCollection(KCsmart)
compareSpmCollection()所属R语言包：KCsmart

                                         KCsmart Comparative calculate null distribution
                                         KCsmart比较计算空分布

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compare the samples of one class in the sample point matrix collection to the samples in the other class and calculate the null distribution
一类样品在采样点矩阵收集比较在其他类的样本，并计算空分布


用法----------Usage----------


compareSpmCollection(spmCollection, nperms=20, method=c("siggenes", "perm"), siggenes.args=NULL, altcl=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：spmCollection
An spmCollection object as created by the 'calcSpmCollection' function
一个spmCollection对象创建“calcSpmCollection”功能


参数：nperms
The number of permutations to be used to calculate the null distribution  
被用来计算空分布的排列数


参数：altcl
Instead of using the class vector from the spmCollection object an alternative vector can be used
另一种向量，而不是使用类向量从spmCollection对象可以使用


参数：method
The method to be used to calculate the null distribution
被用来计算空分布的方法


参数：siggenes.args
Optional additional arguments to the siggenes function  
可选的siggenes函数的附加参数


Details

详情----------Details----------

The method to be used to determine significant regions can either be the SAM methodology from the siggenes package or a signal-to-noise/permutation based method. For more information regarding the siggenes method please check the corresponding package.
确定重大区域要使用的方法可以是“SAM从siggenes包的方法或基于signal-to-noise/permutation方法。对于关于siggenes方法的更多信息，请检查相应的软件包。


值----------Value----------

Returns a compKc object which returns the original data and, depending on the method used, the permuted data or the fdr-delta value combinations as calculated by the siggenes package.
返回一个compKc对象，它返回的原始数据，取决于所使用的方法，置换后的数据或FDR-delta值计算由siggenes包组合。


作者（S）----------Author(s)----------


Jorma de Ronde



参见----------See Also----------

compareSpmCollection,  getSigRegionsCompKC
compareSpmCollection，getSigRegionsCompKC


举例----------Examples----------


data(hsSampleData)
data(hsMirrorLocs)

spmc1mb <- calcSpmCollection(hsSampleData, hsMirrorLocs, cl=c(rep(0,10),rep(1,10)))
spmcc1mb <- compareSpmCollection(spmc1mb, nperms=3)
spmcc1mbSigRegions <- getSigRegionsCompKC(spmcc1mb)

plot(spmcc1mb, sigRegions=spmcc1mbSigRegions)


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