R语言 isobar包 ratiosummarization()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

ratiosummarization(isobar)
ratiosummarization()所属R语言包：isobar

                                        protein and peptide ratios
                                         蛋白质和多肽的比例

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A set of functions to create ratios within groups and summarize them.  proteinRatios serves as hub and calls combn.matrix,  combn.protein.tbl and summarize.ratios successively. It can be  used to calculate intra-class and inter-class ratios, to assess ratios and variability within and over cases.
一组函数来创建组内的比率，并总结他们。 proteinRatios作为枢纽和调用combn.matrix，combn.protein.tbl和summarize.ratios先后。它可以用来计算类内和类间的比率，评估及以上情况比率和变异。


用法----------Usage----------


proteinRatios(ibspectra, noise.model, reporterTagNames = NULL, proteins = reporterProteins(proteinGroup(ibspectra)), peptide = NULL, cl = classLabels(ibspectra), method = "global", symmetry = FALSE, summarize = FALSE, summarize.method = "mult.pval", min.detect = NULL, strict.sample.pval = TRUE, strict.ratio.pval = TRUE, orient.div = 0, sign.level = 0.05, sign.level.rat = sign.level, sign.level.sample = sign.level, ratiodistr = NULL, variance.function = "maxi", combine=FALSE,
p.adjust = NULL, reverse=FALSE, combn=NULL, ...)

combn.matrix(x, method = "global", cl = NULL)

combn.protein.tbl(ibspectra, noise.model, ratiodistr, proteins = NULL, cmbn, peptide = NULL, modif = NULL, symmetry = FALSE, reverse = FALSE, variance.function = "maxi", ...)

summarize.ratios(ratios, summarize.method, min.detect, n.combination, strict.sample.pval = TRUE, strict.ratio.pval = TRUE, orient.div = 0, sign.level = 0.05, sign.level.rat = sign.level, sign.level.sample = sign.level, variance.function = "maxi", ratiodistr, p.adjust = NULL)




参数----------Arguments----------

参数：ibspectra
IBSpectra object
IBSpectra对象


参数：x
for combn.matrix: reporter names. See reporterTagNames. argument of proteinRatios.
combn.matrix：记者名称。看到reporterTagNames。参数proteinRatios。


参数：ratios
result of combn.protein.tbl
导致的combn.protein.tbl


参数：cmbn
result of combn.matrix
导致的combn.matrix


参数：combn
result of combn.matrix
导致的combn.matrix


参数：noise.model
NoiseModel for spectra variances
NoiseModel的光谱差异


参数：reporterTagNames
Reporter tags to use. By default all reporterTagNames of ibspectra object.
记者标签使用。默认情况下，所有reporterTagNames ibspectra对象。


参数：proteins
proteins for which ratios are calculated - defaults to all  proteins with peptides specific to them.
比率计算的蛋白质 - 默认为所有的蛋白质与他们特定的肽。


参数：peptide
peptides for which ratios are calculated.
肽比率计算。


参数：modif
Modification.
修改。


参数：cl
Class labels. See also ?classLabels.  
类的标签。还可以看吗？classLabels。


参数：method
"global", "interclass", or "intra-class". Defines which ratios are computed, based on class labels cl
“全球”，“组间”，或“内部类”。定义比率计算，基于类的标签CL


参数：symmetry
If true, reports also the inverse ratio
如果情况属实，报告还反比


参数：summarize
If true, ratios for each protein are summarized.
如果情况属实，每个蛋白的比率进行了总结。


参数：summarize.method
"isobar", for now.
“压线”，现在。


参数：min.detect
How many times must a ratio for a protein be present when summarizing? When NULL, defaults to the maximum number of combinations.
必须的一种蛋白质的比例是多少次时总结？当空，默认的最大数量的组合。


参数：strict.sample.pval
If true, missing ratios are penalized by giving  them a sample.pval of 0.5.
如果为true，丢失率，给他们一个0.5 sample.pval处罚。


参数：strict.ratio.pval
If true, take all ratios into account. If false, only take ratios into account which are in the same direction as the majority of  ratios
如果情况属实，考虑到所有的比率。如果为false，只考虑在同一方向，为广大的比率的比率


参数：orient.div
Number of ratios which might go in the wrong direction.
数比率可能在错误的方向去。


参数：sign.level
Significance level
显着性水平


参数：sign.level.rat
Significance level on ratio p-value
比p值显着性水平


参数：sign.level.sample
Significance level on sample p-value
对样品的p值的显着性水平


参数：ratiodistr
Protein ratio distribution
蛋白质比例分布


参数：variance.function
Variance function
方差函数


参数：...
Passed to estimateRatio()
传递到estimateRatio的（）


参数：combine
If true, a single ratio for all proteins and peptides, resp., is calculated. See estimateRatio.
如果情况属实，所有的蛋白质和多肽，分别为单比率，计算。看到estimateRatio。


参数：p.adjust
Set to one of p.adjust.methods to adjust ratio p-values for multiple comparisions. See p.adjust.
设置p.adjust.methods比p-值调整为多重比较。看到p.adjust。


参数：reverse
reverse
逆转


参数：n.combination
numbero fo combinations possible
numbero FO组合可能


值----------Value----------

'data.frame':        11 variables:
“数据框”：11个变量：


参数：lratio
log ratio
登录率


参数：variance
variance
方差


参数：n.spectra
Number of spectra used for quantification
光谱定量号码


参数：p.value.rat
Signal p-value (NA if ratiodistr is missing)
信号p值（不适用，如果ratiodistr缺少）


参数：p.value.sample
Sample p-value (NA if ratiodistr is missing)
样品的p值（不适用，如果ratiodistr丢失）


参数：is.significant
Is the ratio significant? (NA if ratiodistr is missing)
是显著的比例？ （不适用，如果ratiodistr丢失）


参数：protein
Protein quantified
蛋白质定量


参数：r1
r1
R1


参数：r2
r2
R2


作者（S）----------Author(s)----------



Florian P Breitwieser, Jacques Colinge




参见----------See Also----------

IBSpectra, isobar-preprocessing isobar-analysis
IBSpectra，压线，预处理等压线分析


举例----------Examples----------



combn.matrix(114:117,method="interclass",cl=as.character(c(1,1,2,2)))
combn.matrix(114:117,method="interclass",cl=as.character(c(1,1,2,2)))
combn.matrix(114:117,method="global")

data(ibspiked_set1)
data(noise.model.hcd)

ceru.proteins <- c("P13635","Q61147")
proteinRatios(ibspiked_set1,noise.model=noise.model.hcd,proteins=ceru.proteins,cl=c("T","T","C","C"),method="interclass",summarize=TRUE)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。