R语言 inveRsion包 inveRsion-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

inveRsion-package(inveRsion)
inveRsion-package()所属R语言包：inveRsion

                                       
                                         

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This package scans the whole genome in search of inversion events. Input data can be genotypes or phased haplotypes. It computes regions where inversions are probed by trial segments of fixed length. An inversion model is fit at each trial segment and significance measures, like Bayes Information Criterion, give evidence of segments belonging to the inversion event. Methods are implemented to identify the complete inversion segment and to classify the chromosomes in the sample as inverted or not.
这个包在搜索反转事件的全基因组进行扫描。输入数据可以是基因型或分阶段的单体型。它计算倒置是由固定长度的试验段探测的区域。反演模型适合于每个试验段和意义的措施，如贝叶斯信息准则，属于反转事件的分部的证据。实施方法确定完整的反演段和倒或不列为样品中的染色体。


Details

详情----------Details----------

The package is designed as a stream analysis of a sequence of procedures: setUpGenoDatFile loads the genotype data onto R; HaploCode performs local haplotyping around the candidate brake points of the inversion; sanInv takes trial segments of fixed window size and fits the inversion model, sweeping the whole genome; and listInv summarizes the inversion events.
包被设计成一个程序的序列流分析：setUpGenoDatFile加载到ŕ基因型数据;HaploCode执行反演候选人制动点周围的地方的单体型;sanInv需要试用段固定窗口的大小和适合的反演模型，席卷整个基因组;listInv总结了反演事件。


作者（S）----------Author(s)----------



Alejandro Caceres
Maintainer: Alejandro Caceres <acaceres@creal.cat>




参考文献----------References----------





举例----------Examples----------


#vignette("inveRsionMan")[暗角（inveRsionMan“）]

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注：
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