R语言 inveRsion包 codeHaplo()函数中文帮助文档(中英文对照)

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codeHaplo(inveRsion)
codeHaplo()所属R语言包：inveRsion

                                         Codes haplotypes into decimal integers
                                         代码为十进制整数的单体型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function labels the haplotypes of size blockSize around each candidate brake-point. For labeling genotype data, the function takes objects of class genoDat as main argument. For phased data, this argument should be ignored and a file name passed instead.
功能标签大小blockSize每个候选人制动点周围的单体型。为标记基因型数据，该函数对象类genoDat为主要参数。分阶段的数据，这种说法应该被忽视和文件名，而不是通过。


用法----------Usage----------


codeHaplo(objectGenoDat, blockSize, minAllele, saveRes = TRUE, file = NULL, ROI)



参数----------Arguments----------

参数：objectGenoDat
Genodat object; if phased data then provide file instead
Genodat对象;如果分阶段的数据，然后提供file代替


参数：blockSize
numeric. number of SNPs flanking each side of each candidate brake-point. Default value 3
numeric。数侧翼每个候选人的制动点两侧的SNPs。默认值3


参数：minAllele
numeric. minimum allele frequency for each probe to be considered as a candidate brake-point. Default value 0.1
numeric。每个探针的最低等位基因频率被视为候选人的制动点。默认值0.1


参数：saveRes
logical. Whether results should be saved in file hapCode.RData
logical。结果是否应该被保存在文件hapCode.RData


参数：file
character. File name with phased data  
character。分阶段数据文件名


参数：ROI
numeric. 2-vector specification passes a chromosome segment to be encoded. 4-vector specification passes the region of interest for the left brake-point (ROI[1] and ROI[2]) and the right brake-point (ROI[3] and ROI[4])   
numeric。 2矢量规范，通过染色体片段进行编码。 4矢量规范通过该区域的利益为左刹车点（投资回报率[1]和投资回报率[2]）和正确的刹车点（投资回报率[3]和投资回报率[4]）


Details

详情----------Details----------

When setUpGenodat is passed, the coding first computes the local haplotypes for each candidate-brake point form the genotype data and then encodes each haplotype into a decimal integer. The local haplotypes are computed with haplo.em form haplo.stats and assigns those with highest posterior probability to each chromosome. In the case of phased data, passed through file, no local haplotyping is needed and only the labeling is performed.
当setUpGenodat传递，编码的第一个用于每个候选人的制动点形式的基因型数据计算的本地单体型，然后编码成一个十进制整数，每个单体。当地的单倍型计算与haplo.em形式haplo.stats和分配最高后验概率，每个染色体。在分阶段的数据的情况下，通过file，没有本地的单体型需要，唯一的标签进行。


值----------Value----------

Object of class HaploCode   
对象类HaploCode


作者（S）----------Author(s)----------



Alejandro Caceres <a href="mailto:acaceres@creal.cat">acaceres@creal.cat</a>




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

GenoDat,  HaploCode,
GenoDat，HaploCode


举例----------Examples----------


data(gDat)
hapCode <-codeHaplo(gDat,blockSize=3,minAllele=0.3,saveRes=FALSE)
hapCode

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