R语言 imageHTS包 summarizeWells()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

summarizeWells(imageHTS)
summarizeWells()所属R语言包：imageHTS

                                        Summarize cell features
                                         综述单元功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute phenotypic profiles by summarizing cell population features.
计算表型剖面，总结单元群功能。


用法----------Usage----------


summarizeWells(x, uname, featurePar, profileFilename="data/profiles.tab", access='cache')



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object.
一个imageHTS对象。


参数：uname
A character vector, containing the well names to summarize. See getUnames for details.
一个特征向量，以及名称来概括。看到getUnames详情。


参数：featurePar
A character string, indicating the filename containing the feature extraction parameters.
一个字符串，包含特征提取参数表示文件名。


参数：profileFilename
A character string, indicating the output filename to store the phenortpic profiles.
一个字符串，表示输出的文件名，存储phenortpic型材。


参数：access
A character string indicating how to access the data. Valid values are local, server and cache, the default. See fileHTS for details.
一个字符串，指示如何访问数据。有效的值是local，server和cache，默认。看到fileHTS详情。


Details

详情----------Details----------

summarizeWells computes for each well, summary statistics about cell features. Currently, cell number n and median cell feature med.* (for each feature) are computed.
summarizeWells计算每口井，对单元功能的汇总统计。目前，手机号码n和中位数单元功能med.*（每个功能）计算。

Moreover, if the DCF segmentation parameters file pointed by featurePar includes the field cell.classes, containing a list of comma-separated cell classes, cell classes ratio are computed and included in the phenotypic profiles.
此外，如果DCF分割参数文件指出featurePar包括外地cell.classes，包含一个逗号分隔的单元类列表，单元类的比例计算，并在表型剖面。

summarizeWells creates the file data/profiles.tab which contains the phenotypic profiles. Use readHTS to read this file.
summarizeWells创建文件data/profiles.tab其中包含的表型剖面。使用readHTS读取这个文件。


值----------Value----------

A data frame, containing the phenotypic profiles.
一个数据框，包含的表型剖面。


作者（S）----------Author(s)----------



Gregoire Pau, <a href="mailto:gregoire.pau@embl.de">gregoire.pau@embl.de</a>, 2010




参见----------See Also----------

extractFeatures, readHTS
extractFeatures，readHTS


举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]
    ## initialize imageHTS object using the local submorph screen[＃初始化imageHTS对象使用当地submorph屏幕。]
    local = tempdir()
    server = system.file('submorph', package='imageHTS')
    x = parseImageConf('conf/imageconf.txt', localPath=local, serverURL=server)
    x = configure(x, 'conf/description.txt', 'conf/plateconf.txt', 'conf/screenlog.txt')
   
    ## segment non-empty wells[＃非空井段]
    unames = setdiff(getUnames(x), getUnames(x, content='empty'))
    segmentWells(x, uname=unames, segmentationPar='conf/segmentationpar.txt')
   
    ## extract features[＃提取特征]
    extractFeatures(x, uname=unames, 'conf/featurepar.txt')
   
    ## cell classification[＃单元分类]
    readLearnTS(x, 'conf/featurepar.txt', 'conf/trainingset.txt')
    predictCellLabels(x, unames)
   
    ## summarize features[＃总结特点]
    summarizeWells(x, unames, 'conf/featurepar.txt')
   
    ## get profiles[＃得到型材]
    profiles = readHTS(x, type='file', filename='data/profiles.tab', format='tab')
  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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