R语言 imageHTS包 parseImageConf()函数中文帮助文档(中英文对照)

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parseImageConf(imageHTS)
parseImageConf()所属R语言包：imageHTS

                                        Instantiate an imageHTS object
                                         实例化imageHTS对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Instantiate an imageHTS object from a local or remote screen data repository.
从本地或远程的屏幕数据仓库实例imageHTS对象。


用法----------Usage----------


parseImageConf(filename, localPath='myscreen', serverURL, access='cache')



参数----------Arguments----------

参数：filename
A character string containing the name of the imageHTS configuration file. See Details.
一个字符串，其中包含的imageHTS配置文件的名称。查看详细信息。


参数：localPath
A character string indicating the path to the project directory that contains (or will contain) the screen data. The directory must be writable and will be created if missing. All intermediate files created by imageHTS will be stored in this directory. Default is myscreen.
一个字符串，显示屏幕数据包含（或将包含）到项目目录的路径。该目录必须是可写的，如果缺少将创建。将存储在这个目录，由imageHTS创建的所有中间文件。默认myscreen。


参数：serverURL
An optional character string indicating the URL or path to the server from where to download the data, if not available in the local path.
一个可选的字符串表示的URL或路径到服务器，从哪里下载的数据，如果没有在本地路径。


参数：access
A character string indicating how to access the data. Valid values are cache (the default), local and server. See fileHTS for details.
一个字符串，指示如何访问数据。有效值是cache（默认），local和server。看到fileHTS详情。


Details

详情----------Details----------

parseImageConf gets access to the configuration file depending on the value of the access argument. If local, the file is loaded from the local path; if server, from the server and if cache parseImageConf tries to first load the file from the local path, and if not present, downloads it from the server. This dual repository feature is useful when screen images are stored in a different location from where they are analysed. See fileHTS for details.
parseImageConf获得配置文件access参数值而定。如果local，从本地路径加载文件;如果server，如果从服务器和cacheparseImageConf尝试首先从本地路径加载文件，如果不存在，从服务器下载。这双库功能时，屏幕图像存储在不同的位置，从那里他们分析是有用的。看到fileHTS详情。

The imageHTS configuration file is a DCF file which contains the following fields:
imageHTS配置文件是DCF的文件，其中包含以下字段：

AssayName: a character string containing the name of the assay
AssayName：一个字符串，其中包含该法的名称

SourceFilenamePattern: a character string containing the source image pattern path, relative to the local path. Special fields: {plate}, {replicate}, {row}, {col} and {channel} will be replaced by elements of the corresponding fields PlateNames, ReplicateNames, RowNames, ColNames and ChannelNames.
SourceFilenamePattern：一个字符串，包含源图像模式的路径，相对本地路径。特殊领域：{板}，{复制}，{行}，{col}的{通道}将相应的字段元素取代PlateNames，ReplicateNames，RowNames， ColNames和ChannelNames。

PlateNames: a comma-separated character vector, containing the plate names, to replaced in the field {plate} of SourceFilenamePattern.
PlateNames：逗号分隔的特征向量，包含的板块名称，以取代在外地SourceFilenamePattern{板}。

ReplicateNames: same as PlateNames for the field {replicate}.
领域ReplicateNames：PlateNames相同{复制}。

RowNames: same as PlateNames for the field {row}.
RowNames：PlateNames域{行}相同。

ColNames: same as PlateNames for the field {col}.
ColNames：PlateNames场{col}的相同。

ChannelNames: same as PlateNames for the field {channel}.
ChannelNames：PlateNames域{通道}相同。

Montage: an optional comma-separated vector of two integers. If source images contain assembled different spot images of the well, this vector contains the dimension of the montage.
蒙太奇：一个逗号分隔的两个整数可选的向量。如果源图像包含组装，以及不同的SPOT卫星影像，此向量包含的蒙太奇维。

Use the command getImageConf to retrieve the configuration file from an imageHTS object.
使用命令getImageConfimageHTS对象中检索的配置文件。


值----------Value----------

An imageHTS object.
imageHTS对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Gregoire Pau, <a href="mailto:gregoire.pau@embl.de">gregoire.pau@embl.de</a>, 2010




参见----------See Also----------

imageHTS, fileHTS, configure, getImageConf
imageHTS，fileHTS，configure，getImageConf


举例----------Examples----------


local = tempdir()
server = system.file('submorph', package='imageHTS')
x = parseImageConf('conf/imageconf.txt', localPath=local, serverURL=server)
getImageConf(x)

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