R语言 imageHTS包 imageHTS()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

imageHTS(imageHTS)
imageHTS()所属R语言包：imageHTS

                                        Package overview
                                         包装概览

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

imageHTS is an R package dedicated to the analysis of high-throughput microscopy-based screens. The package provides a modular and extensible framework to segment cells, extract quantitative cell features, predict cell types and browse screen data through web interfaces. Designed to operate in distributed environments, imageHTS provides a standardized access to remote screen data, facilitating the dissemination of high-throughput microscopy-based screens.
imageHTS是R包，专门分析的高通量显微镜为基础的屏幕。该软件包提供了一个模块化和可扩展的框架，部分单元，提取定量单元的功能，预测的单元类型和浏览屏幕数据，通过网络接口。设计运行在分布式环境中，imageHTS提供了一个远程屏幕数据的标准化访问，促进了高通量的显微镜为基础的屏幕传播。


包装内容----------Package content----------

The following function instantiates the imageHTS object.
以下函数实例的imageHTS的的对象。

parseImageConf: instantiate an imageHTS object from a local or remote screen data repository
parseImageConf：实例imageHTS对象从本地或远程的屏幕数据仓库

The following functions process, segment, quantify, summarize the well images.
以下职能的过程中，段，量化，总结了很好的图像。

segmentWells: segment cells in well images
48 segmentWells以及影像：部分单元

extractFeatures: extract cell features from segmented images
extractFeatures：从分割图像中提取的单元功能

readLearnTS: train a cell classifier
readLearnTS：培养出的单元分类

predictCellLabels: predict cell labels
predictCellLabels：预测单元的标签

summarizeWells: summarize cell populations
summarizeWells：总结单元群

The following functions provides means to display and inspect the screen data.
以下功能提供了手段来显示和检查屏幕上的数据。

installWebQuery: install the webQuery module
installWebQuery：安装webQuery模块

popWebQuery: pop the webQuery module
：popWebQuery弹出的webQuery模块

installCellPicker: install the cellPicker module
installCellPicker：安装cellPicker模块

popCellPicker: pop the cellPicker module
：popCellPicker弹出的cellPicker模块

segmentATH: segment cells stained for DNA, actin and tubulin
segmentATH：段单元的DNA，肌动蛋白和微管蛋白染色

getCellFtrsATH: extract features from cells stained for DNA, actin and tubulin
getCellFtrsATH：染色的DNA，肌动蛋白和微管蛋白从单元中提取的功能

The following functions give access to the screen data.
以下功能给屏幕数据的访问。

fileHTS: build the path to a screen data file
fileHTS：建立到屏幕上的数据文件的路径

readHTS: read a screen data file
readHTS：读屏幕上的数据文件

parseDCF: read a DCF configuration file
parseDCF：读DCF配置文件

collectCellFeatures: collect cell features
collectCellFeatures：收集单元功能

getWellFeatures: get well metadata, features and annotation information
getWellFeatures：得到很好的元数据，功能和注释信息

The following manipulate well unique names.
下面的操作以及独特的名字。

getUnames: get well unique names
getUnames：以及独特的名称

prw2uname: convert a (plate, replicate, well) data frame in well unique names
prw2uname：转换板，复制，以及独特的名称（）的数据框

uname2prw: convert well unique names in a (plate, replicate, well) data frame
uname2prw：转换唯一的名称，以及在数据框（板，复制，以及）

rowcol2well: convert a (row, col) data frame in well names
rowcol2well：转换（行，列）以及名称中的数据框

well2rowcol: convert well names in a (row, col) data frame
well2rowcol：（行，列）数据框转换以及名称

well2wellid: convert well coordinates in numerical well identifiers
well2wellid：转换以及坐标的数值以及标识符

Miscellaneous functions.
杂项功能。

zprime: compute the Z'-factor quality score  
zprime：计算Z要素的质量得分

highlightSegmentation: highlight segmented objects in an image
highlightSegmentation：在图像分割对象亮点

countObjects: count the number of objects in a segmented image
countObjects：在分割图像计数的对象数量

getImageConf: get the imageHTS configuration
getImageConf：得到的imageHTS配置


著者----------Authors----------

Gregoire Pau, gregoire.pau@embl.de, 2010
保罗·格雷瓜尔，gregoire.pau @ embl.de，2010

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