R语言 IdMappingRetrieval包 AnnotationNetAffx()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AnnotationNetAffx(IdMappingRetrieval)
AnnotationNetAffx()所属R语言包：IdMappingRetrieval

                                        The AnnotationNetAffx class
                                         AnnotationNetAffx类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Package:   <br> Class AnnotationNetAffx<br>
包装方式：参考的类AnnotationNetAffx参考

Object<br> ~~|<br> ~~+--Annotation<br> ~~~~~~~|<br> ~~~~~~~+--AnnotationAffx<br> ~~~~~~~~~~~~|<br> ~~~~~~~~~~~~+--AnnotationNetAffx<br>
Object参考~~|参考~~+--  Annotation参考~~~~~~~|参考~~~~~~~+--  AnnotationAffx参考~~~~~~~~~~~~|参考~~~~~~~~~~~~+--  AnnotationNetAffx参考

Directly known subclasses:<br> <br>
直接已知子类：参考参考

public static class AnnotationNetAffx<br> extends AnnotationAffx<br>
公共静态的类AnnotationNetAffx参考扩展AnnotationAffx参考

The AnnotationNetAffx class encapsulates the functionality allowing to retrieve data from the NetAffx batch query system through the Annotation.getIdMap() and Annotation.getDataFrame() calls on this object. The NetAffx batch query system requires to submit the probeset IDs by providing text files in a special format, maximum 10000 IDs per file. The results are returned in a form of a tab delimited text file, one file per submission, so the query results for a whole array are presented by a set of such files. The AnnotationNetAffx object encapsulates the functionality allowing to interactively choose the set of result files and merge them into a single data frame during the Annotation.getIdMap() and Annotation.getDataFrame() calls on the AnnotationNetAffx object.
AnnotationNetAffx类封装允许通过的Annotation.getIdMap（）检索从NetAffx批量查询系统的数据和Annotation.getDataFrame（）调用这个对象的功能。 NetAffx批量查询系统要求提交的probeset的ID提供一个特殊的格式，最高10000元的ID文件的文本文件。制表符分隔的文本文件的形式返回结果，每一个提交的文件，使整个阵列的查询结果，提出了一套这样的文件。 AnnotationNetAffx对象封装的功能，允许以交互方式选择的结果文件集和它们合并成单一期间的Annotation.getIdMap的数据框（）和Annotation.getDataFrame（）调用上AnnotationNetAffx对象。


用法----------Usage----------


AnnotationNetAffx(cacheFolderName="NetAffxCsv", primaryColumn="Probe.Set.ID", secondaryColumn="SwissProt", swap=TRUE, df_filename=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：cacheFolderName
The symbolic name of a service represented by a given AnnotationNetAffx object.
符号名称的由代表某一AnnotationNetAffx对象的服务。


参数：primaryColumn
Primary column to be retrieved from a data frame obtained from the Affymetrix annotation repository when getIdMap() is called. Default is 'Probe.Set.ID'.
主列被检索从Affymetrix的注释库，当getIdMap（）被称为“所得的数据框。默认为“Probe.Set.ID”。


参数：secondaryColumn
Secondary column to be retrieved from a data frame obtained from the Affymetrix annotation repository when getIdMap() is called. Default is 'SwissProt'.
辅助列进行检索从Affymetrix的注释库，当getIdMap（）被称为“所得的数据框。默认为“SwissProt数据库”。


参数：swap
A logical indicating if primary and secondary column(s) need to be swapped at the end of the IdMap retrieval during the getIdMap() call.Default is TRUE.
一个logical如果需要交换的idMap检索在getIdMap（小学和中学列（S））call.Default是：TRUE。


参数：df_filename
Character vector, character string or NULL. In the first case the character vector contains the names of a resulting file set, in the second, the character string contains the name of directory in which the files are stored, and in the third the file set is determined interactively through the Open File dialog during the call to getIdMap() or getDataFrame() on the AnnotationAffxCsv object.
矢量字符，字符串或NULL。在第一种情况下的特征向量包含一个文件集的名称，在第二，字符串包含在该文件存储的目录的名称，并在第三个文件集决定通过打开文件对话框交互在上调用的AnnotationAffxCsv对象getIdMap（）或getDataFrame（）。


参数：...
Additiional parameters, see Annotation.
additiional参数，请参阅Annotation。


字段和方法----------Fields and Methods----------

Methods:<br>
方法：<BR>

createSubmission
createSubmission

Methods inherited from AnnotationAffx:<br> getColumns, getProbesetList, readDF, setCredentials
从AnnotationAffx继承的方法：参考调用getColumns getProbesetList，readDF，setCredentials

Methods inherited from Annotation:<br> getArrayType, getArrayTypes, getColumns, getCredentials, getDataFrame, getFolderName, getIdMap, getRoot, getServiceRoot, init, readDF, setCredentials, setOptions
方法继承注释：的参考getArrayType，getArrayTypes，调用getColumns，getCredentials，getDataFrame，getFolderName，getIdMap，getRoot，getServiceRoot，初始化，readDF，setCredentials，setOptions

Methods inherited from Object:<br> $, $<-, [[, [[<-, as.character, attach, attachLocally, clearCache, clone, detach, equals, extend, finalize, gc, getEnvironment, getFields, getInstantiationTime, getStaticInstance, hasField, hashCode, ll, load, objectSize, print, registerFinalizer, save
从Object继承的方法：参考$，$ < -  [[[[< -  as.character，附加，attachLocally，clearCache，克隆，分离，等于，扩展，定型，GC，getEnvironment，getFields， getInstantiationTime，getStaticInstance，hasField的hashCode，LL，负载，objectSize，打印，registerFinalizer，功能save


作者（S）----------Author(s)----------


Alex Lisovich, Roger Day

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