AnnotationEnsemblCsv(IdMappingRetrieval)
AnnotationEnsemblCsv()所属R语言包：IdMappingRetrieval
The AnnotationEnsemblCsv class
AnnotationEnsemblCsv类
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Package: <br> Class AnnotationEnsemblCsv<br>
包装方式：参考的类AnnotationEnsemblCsv参考
Object<br> ~~|<br> ~~+--Annotation<br> ~~~~~~~|<br> ~~~~~~~+--AnnotationEnsembl<br> ~~~~~~~~~~~~|<br> ~~~~~~~~~~~~+--AnnotationEnsemblCsv<br>
Object参考~~|参考~~+-- Annotation参考~~~~~~~|参考~~~~~~~+-- AnnotationEnsembl参考~~~~~~~~~~~~|参考~~~~~~~~~~~~+-- AnnotationEnsemblCsv参考
Directly known subclasses:<br> <br>
直接已知子类：参考参考
public static class AnnotationEnsemblCsv<br> extends AnnotationEnsembl<br>
公共静态的类AnnotationEnsemblCsv参考扩展AnnotationEnsembl参考
The AnnotationEnsemblCsv class encapsulates the functionality allowing to retrieve data from the Ensembl intercative online query system. The ID matching information fitered on species and the microarray chip type is retrieved as comma delimited csv file. The AnnotationEnsemblCsv object encapsulates the functionality allowing to interactively choose the Ensembl query results csv file and convert it into a data frame during the getIdMap() and getDataFrame() calls on the AnnotationEnsemblCsv object.
AnnotationEnsemblCsv类封装的功能，允许从Ensembl的intercative网上查询系统检索数据。 ID匹配的信息fitered物种和基因芯片类型为逗号分隔的CSV文件检索。 AnnotationEnsemblCsv对象封装的功能，允许以交互方式选择Ensembl的查询结果csv文件，并转换成期间的getIdMap的数据框（）和getDataFrame（）调用上AnnotationEnsemblCsv对象。
用法----------Usage----------
AnnotationEnsemblCsv(cacheFolderName="EnsemblCsv", primaryColumn=c("UniProt.SwissProt.Accession", "UniProt.TrEMBL.Accession"), secondaryColumn=NA, swap=FALSE, full.merge=TRUE, df_filename=NULL, ...)
参数----------Arguments----------
参数：cacheFolderName
The symbolic name of a service represented by a given AnnotationEnsembl object.
符号名称的由代表某一AnnotationEnsembl对象的服务。
参数：primaryColumn
Primary column(s) to be retrieved from a data frame obtained from the Ensembl csv file when getIdMap() is called. As the Ensembl returns the match results for SwissProt and Tremb accessions in separate columns, it is possible to retrieve either or them or merge them together by explicetely specifying the set of columns to be merged. Default is c('uniprot_swissprot_accession','uniprot_sptrembl').
从Ensembl的csv文件，当getIdMap（）被称为“所得的数据框（S）进行检索主列。 Ensembl的返回SwissProt和分隔列Tremb的加入，比赛的结果，它可以检索或者他们合并在一起通过explicetely指定要合并的列集。默认是c（“uniprot_swissprot_accession，uniprot_sptrembl）。
参数：secondaryColumn
secondaryColumn Secondary column (containing probeset IDs) to be retrieved from a data frame obtained from the Ensembl csv file when getIdMap() is called. If NA (default), the column name(s) derived automatically from the array type parameter during the getDataFrame() call. It should be noted that the probeset ID column name in Ensembl data format is array specific ('Affy.HG.U133.PLUS.2' for example) and therefore needs to be selected on per array basis if specified explicitely.
从Ensembl的csv文件，当getIdMap（）被称为“所得的数据框进行检索的secondaryColumn中学列（含probeset的ID）。如果NA（默认），列名（S）来自数组类型参数的过程中自动getDataFrame（）调用。应当指出在Ensembl的数据格式，probeset编号列名是阵列中的特定（Affy.HG.U133.PLUS.2例如），因此需要在每个阵列的基础上，如果选择显式地指定。
参数：swap
A logical indicating if primary and secondary column(s) need to be swapped at the end of the IdMap retrieval during the getIdMap() call.Default is TRUE.
一个logical如果需要交换的idMap检索在getIdMap（小学和中学列（S））call.Default是：TRUE。
参数：full.merge
A logical indicating which version of primary columns merging algorithm to use. If@ TRUE (default), all unique pairs <probeset ID, SwissProt> and <probeset ID, Trembl> are generated, and if FALSE, only those pairs from <probeset ID, Trembl> for which Uniprot ID is not present in <probeset ID, SwissProt> pairs are included.
一个logical表明初级列的版本合并使用的算法。如果@ True（默认），所有的独特的双<probeset ID, SwissProt>和<probeset ID, Trembl>产生，如果FALSE，只有那些从<probeset的的双ID, Trembl> Uniprot ID是没有<probeset ID, SwissProt>对。
参数：df_filename
Character string or NULL. In the first case the character string contains the name of conversion results file and in the second case the file name is determined interactively through the Open File dialog during the call to Annotation.getIdMap() or Annotation.getDataFrame() on the AnnotationEnsemblCsv object.
字符串或NULL。在第一种情况下，字符串包含转换结果文件名和文件名，在第二种情况下决定通过在通话过程中打开文件“对话框为Annotation.getIdMap（）或Annotation.getDataFrame（上AnnotationEnsemblCsv对象）交互。
参数：...
Additional parameters, see Annotation.
额外的参数，请参阅Annotation。
字段和方法----------Fields and Methods----------
Methods:<br> No public methods defined.
方法：参考没有定义的公共方法。
Methods inherited from AnnotationEnsembl:<br> getColumns, getColumns1, getColumns2, readDF
从AnnotationEnsembl继承的方法：调用getColumns参考，getColumns1，getColumns2，readDF
Methods inherited from Annotation:<br> getArrayType, getArrayTypes, getColumns, getCredentials, getDataFrame, getFolderName, getIdMap, getRoot, getServiceRoot, init, readDF, setCredentials, setOptions
方法继承注释：的参考getArrayType，getArrayTypes，调用getColumns，getCredentials，getDataFrame，getFolderName，getIdMap，getRoot，getServiceRoot，初始化，readDF，setCredentials，setOptions
Methods inherited from Object:<br> $, $<-, [[, [[<-, as.character, attach, attachLocally, clearCache, clone, detach, equals, extend, finalize, gc, getEnvironment, getFields, getInstantiationTime, getStaticInstance, hasField, hashCode, ll, load, objectSize, print, registerFinalizer, save
从Object继承的方法：参考$，$ < - [[[[< - as.character，附加，attachLocally，clearCache，克隆，分离，等于，扩展，定型，GC，getEnvironment，getFields， getInstantiationTime，getStaticInstance，hasField的hashCode，LL，负载，objectSize，打印，registerFinalizer，功能save
作者（S）----------Author(s)----------
Alex Lisovich, Roger Day
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
Annotation$init();
#create Ensembl annotation object[创建Ensembl的注解对象]
annObj<-AnnotationEnsemblCsv(cacheFolderName="EnsemblCsv");
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 22:13:53
