R语言 ibh包 ibhClusterEvalBioGRID()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ibhClusterEvalBioGRID(ibh)
ibhClusterEvalBioGRID()所属R语言包：ibh

                                         Evaluate clustering with interaction based homogeneity using BioGRID Interactions
                                         评估使用BioGRID相互作用与互动为基础的同质聚类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculated interaction based homogeneity for a clustering result to the  BioGRID  Interactions for seven organisms: Arabidopsis thaliana(arabidopsis), Caenerhabditis elegans(c.elegans),  Drosophila melanogaster (fruitFly), Homo sapiens (human), Mus musculus (mouse), Saccharomyces cerevisae  (yeast), Schizosaccharomyces pombe (s.pombe). Unique ids(systematic names), official names or Entrez ids
此函数计算一个聚类结果7生物体BioGRID的相互作用基于交互的同质性：拟南芥（拟南芥），Caenerhabditis线虫（线虫），果蝇（果蝇），智人（人类），小家鼠（小鼠）裂殖酵母（裂殖酵母），酿酒cerevisae（酵母）。唯一的ID（系统名称），正式名称或Entrez的IDS


用法----------Usage----------


ibhClusterEvalBioGRID(cluster, allGenesList,
    organism, idType = "EntrezId")



参数----------Arguments----------

参数：cluster
result of clustering  
导致聚类


参数：allGenesList
list of genes in the same order of clustering object  
在相同的顺序聚类对象的基因列表


参数：organism
organism name, can be one of 'arabidopsis', 'c.elegans', 'fruitFly', 'human', 'mouse', 'yeast', 's.pombe'.   
生物体的名称，可以是“拟南芥”，“线虫”，“果蝇，人，鼠标，酵母，酒裂殖酵母”。


参数：idType
type of identifier, can be one of 'EntrezId', 'Official' and 'UniqueId'.  
标识符类型，可以是一个“EntrezId，官和的UniqueID”。


值----------Value----------

A vector of floats representing interaction based homogeneity for each cluste
的代表为每个cluste互动基于同质化的花车向量


参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


require(yeastCC)
require(stats)
require(simpIntLists)
data(yeastCC)
subset <- exprs(yeastCC)[1:50,]
d <- dist(subset,method="euclidean")
k <- kmeans(d, 3);
ibhClusterEvalBioGRID(k$cluster, rownames(subset),
                        organism="yeast", idType="UniqueId")

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