R语言 ibh包 ibhBioGRID()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ibhBioGRID(ibh)
ibhBioGRID()所属R语言包：ibh

                                       
                                         

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculated interactios based homogeneity for a gene list according to the  BioGRID  Interactions for seven organisms: Arabidopsis thaliana(arabidopsis), Caenerhabditis elegans(c.elegans), Drosophila melanogaster (fruitFly), Homo sapiens (human), Mus musculus (mouse), Saccharomyces cerevisae  (yeast), Schizosaccharomyces pombe (s.pombe). Unique ids(systematic names), official names or Entrez ids  can be used as identifier type.
这个函数的计算interactios基因列表中根据7生物体BioGRID的相互作用为基础的同质性：拟南芥（拟南芥），（线虫）Caenerhabditis线虫，果蝇（果蝇），智人（人类），小家鼠（鼠标） ，酿酒cerevisae（酵母），裂殖酵母（裂殖酵母）。唯一的ID（系统名称），正式名称或Entrez的IDS可以用作标识符类型。


用法----------Usage----------


ibhBioGRID(geneList, organism, idType = "EntrezId")



参数----------Arguments----------

参数：geneList
list of genes/proteins for which interaction based homogeneity is evaluated
基于交互的同质评估的基因/蛋白质的名单


参数：organism
Organism name. Can be one of 'arabidopsis', 'c.elegans', 'fruitFly', 'human', 'mouse', 'yeast', 's.pombe'.   
生物体的名称。可以是一个“拟南芥”，“线虫”，“果蝇”，“人权”，“鼠标”，“酵母”，“裂殖酵母”。


参数：idType
Type of identifier used. Can be one of 'EntrezId', 'Official' and 'UniqueId'
使用的标识符类型。可以是一个“EntrezId，官方和的UniqueID


值----------Value----------

Float representing interaction based homogeneity for each list
浮动代表基于同质性互动为每个列表


参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

ibh,ibhForMultipleGeneListsBioGRID
ibh，ibhForMultipleGeneListsBioGRID


举例----------Examples----------


        require(simpIntLists)
        geneList <-  list(839226,817241, 824340, 832179, 818561, 831145, 838782, 826404);
        ibhBioGRID(geneList, organism="arabidopsis",
                                                idType = "EntrezId");
        geneList <- list("YJR151C", "YBL032W",   "YAL040C",   "YBL072C",   "YCL050C",   "YCR009C");
        ibhBioGRID(geneList, organism="yeast", idType = "UniqueId");

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