R语言 ibh包 ibh-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ibh-package(ibh)
ibh-package()所属R语言包：ibh

                                         Interaction Based Homogeneity
                                         基于交互的同质性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This package contains methods for evaluating Interaction Based Homogeneity for lists of genes. Given a gene list of n genes,
此套件包含评估基于交互的同质性基因名单的方法。鉴于N基因的基因列表，

if genes i and j
如果基因我和J

otherwise. The Interaction Based Homogeneity for a gene list
否则。基于交互的同质性的基因列表

of size n is then calculated as:
大小为n，然后计算公式为：


Details

详情----------Details----------

The user can provide his own interaction list or can use predefined gene lists which are created based on the BioGRID Interactions.  Both gene lists and result of clustering methods such as kmeans or hclust can be used as inputs. Entrez identifiers, unique ids (systematic names) or official names can be used as gene/protein identifiers.
用户可以提供自己的交互列表，或者可以使用预定义列表创建基于上BioGRID相互作用的基因。这两个基因的名单和KMEANS或hclust如聚类分析的结果可以作为输入。 Entrez的标识符，唯一的ID（系统名称）或正式名称，可用于基因/蛋白的标识符。


作者（S）----------Author(s)----------



Kircicegi Korkmaz <e102771@ceng.metu.edu.tr>, Volkan Atalay <volkan@ceng.metu.edu.tr>, Rengul Cetin-Atalay <rengul@bilkent.edu.tr>

Maintainer: Kircicegi Korkmaz <e102771@ceng.metu.edu.tr>



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


        require(simpIntLists)
        data(ArabidopsisBioGRIDInteractionEntrezId)
        listofGeneList <- list(list(839226,817241, 824340, 832179, 818561, 831145, 838782, 826404),
                                        list( 832018, 839226, 839226, 838824));
        ibhForMultipleGeneLists(ArabidopsisBioGRIDInteractionEntrezId,
                        listofGeneList)

        require(simpIntLists)
        listofGeneList <- list(list(839226,817241, 824340, 832179, 818561, 831145, 838782, 826404),
list( 832018,
                                839226, 839226, 838824));
        ibhForMultipleGeneListsBioGRID(listofGeneList,
                                 organism="arabidopsis",
                                 idType = "EntrezId");
        listofGeneList <- list(list("YJR151C", "YBL032W",   "YAL040C",   "YBL072C",   "YCL050C",
                                           "YCR009C"),
                                list("YDR063W", "YDR074W", "YDR080W", "YDR247W", "YGR183C", "YHL033C"),
                                list("YOL068C" , "YOL015W" ,  "YOL009C" ,  "YOL004W" ,  "YOR065W"  ));
        ibhForMultipleGeneListsBioGRID(listofGeneList, organism="yeast",
                        idType = "UniqueId");


        require(yeastCC)
        require(stats)
        data(yeastCC)
        subset <- exprs(yeastCC)[1:50,]
        d <- dist(subset,method="euclidean")
        k <- kmeans(d, 3);
        ibhClusterEvalBioGRID(k$cluster, rownames(subset),
                        organism="yeast", idType="UniqueId")


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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。