R语言 htSeqTools包 extendRanges()函数中文帮助文档(中英文对照)

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extendRanges(htSeqTools)
extendRanges()所属R语言包：htSeqTools

                                         Extend reads or sequences by a user-specified number of bases.
                                         扩展读取或碱基由用户指定的号码序列。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function allows to extend ranges up to a user-specified length, which can be helpful in ChIP-seq analysis.
此功能允许范围扩大到用户指定的长度，这可能有助于芯片SEQ分析。


用法----------Usage----------


extendRanges(x, seqLen = 200, chrlength, mc.cores=1)



参数----------Arguments----------

参数：x
Object containing reads.  
对象，其中包含读取。


参数：seqLen
Desired sequence length after extension.  
所需序列的长度，后扩展。


参数：chrlength
Integer vector indicating the length of each chromosome. names(chrlength) must match those in x. This argument is used to ensure that no reads are extended beyond the maximum chromosome length.
整数向量表示每个染色体的长度。 names(chrlength)必须符合那些在x。使用此参数，以确保没有读取超出最大的染色体长度延长。


参数：mc.cores
Number of cores to use in parallel computations (passed on to mclapply).
在并行计算中使用的核心数量（通过mclapply上）。


值----------Value----------

A list of IRanges objects with extended sequence length.
一个IRanges对象扩展序列的长度。


方法----------Methods----------




signature(x = "RangedData")  space(x) indicates the chromosome, start(x) and end(x) the start/end positions of
signature(x = "RangedData")space(x)表示染色体，start(x)和end(x)开始/结束位置




signature(x = "RangedDataList") Each element in x
signature(x = "RangedDataList")x每个元素


作者（S）----------Author(s)----------


David Rossell



举例----------Examples----------


set.seed(1)
st <- round(rnorm(1000,500,100))
st[st>2000] <- 2000
strand <- rep(c('+','-'),each=500)
space <- rep('chr1',length(st))
sample1 <- RangedData(IRanges(st,st+38),strand=strand,space=space)
extendRanges(sample1, seqLen=200, chrlength=c(chr1=2000))

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