R语言 HTSanalyzeR包 preprocess()函数中文帮助文档(中英文对照)

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preprocess(HTSanalyzeR)
preprocess()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         A preprocessing method for objects of class GSCA or NWA
                                         一个对象为类GSCA或NWA的预处理方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a generic function.
这是一个通用的功能。

When implemented as the S4 method for objects of class GSCA or NWA,  this function filters out invalid data, removes duplicated genes,  converts annotations to Entrez identifiers, etc.
当S4的方法实施对象类GSCA或NWA，此功能过滤掉无效数据，消除重复基因，将其转换注释Entrez的标识等。

To use this function for objects of class GSCA:
使用此功能的类对象GSCA：

preprocess(object, species="Dm", initialIDs="FlybaseCG", keepMultipleMappings =TRUE, duplicateRemoverMethod="max", orderAbsValue=FALSE, verbose=TRUE)
预处理（对象，物种=“DM”，“initialIDs =”FlybaseCG，keepMultipleMappings = TRUE duplicateRemoverMethod =“最大”，orderAbsValue = FALSE，VERBOSE = TRUE）

To use this function for objects of NWA:
使用这个函数的对象NWA：

preprocess(object, species="Dm", initialIDs="FlybaseCG", keepMultipleMappings =TRUE, duplicateRemoverMethod="max", verbose=TRUE)
预处理（对象，物种=“DM”，“initialIDs =”FlybaseCG，keepMultipleMappings = TRUE duplicateRemoverMethod =“最大”，VERBOSE = TRUE）


用法----------Usage----------


preprocess(object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object. When this function is implemented as the S4 method of class GSCA  or NWA, this argument is an object of class 'GSCA' or NWA.  
一个对象。作为的S4类方法实现此功能时，GSCA或NWA，这种说法是一个对象类的GSCA或NWA。


参数：...
other arguments depending on class (see below for the arguments supported by  class GSCA and/or NWA)  
其他类根据参数（见下面的类GSCA和/或NWA支持的论据）


Details

详情----------Details----------

This function will do the following preprocessing steps:
此功能将做以下的预处理步骤：




1:  filter out p-values (the slot pvalues of class NWA),  phenotypes (the slot phenotypes of class NWA) and data for  enrichment (the slot geneList of class GSCA) with NA values  or without valid names, and invalid gene names (the slot hits of class  GSCA);
1：筛选出的p值（槽pvalues类NWA），表型（插槽phenotypes类NWA）和富集的数据（插槽geneList类GSCA）无值或无有效名称和无效的基因名称（插槽hits类GSCA）;




2:  invoke function duplicateRemover to remove duplicated genes  in the slot pvalues, phenotypes of class NWA, and the slot geneList and hits of class GSCA;
2：调用函数duplicateRemover删除插槽pvalues，phenotypes类NWA，和插槽geneList和hits重复基因类GSCA;




3:  invoke function annotationConvertor to convert annotations from initialIDs to Entrez identifiers. Please note that the slot hits and  the names of the slot geneList of class GSCA, the names of the slot  pvalues and the names of the slot phenotypes of class NWA must  have the same type of gene annotation specified by initialIDs;
3：调用函数annotationConvertor转换initialIDsEntrez的标识说明。请注意插槽hits和槽的名字geneList类GSCA，插槽的名称pvalues插槽phenotypes名 类NWA必须具有相同的基因注释类型指定initialIDs;




4:  order the data for enrichment decreasingly for objects of  class GSCA.
4：订单少地富集的数据类对象GSCA。

See the function duplicateRemover for more details about how to remove duplicated  genes.
见功能duplicateRemover有关如何删除重复基因的更多细节。

See the function annotationConvertor for more details about how to convert  annotations.
见功能annotationConvertor有关如何转换注释的更多细节。


值----------Value----------

In the end, this function will return an updated object of class GSCA or NWA.  
在年底，这个函数将返回一个类GSCA或NWA更新的对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>




参见----------See Also----------

duplicateRemover, annotationConvertor
duplicateRemover，annotationConvertor


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(org.Dm.eg.db)
library(KEGG.db)
##load data for enrichment analyses[＃加载富集分析数据。]
data("KcViab_Data4Enrich")
##select hits[＃选择点击]
hits <- names(KcViab_Data4Enrich)[which(abs(KcViab_Data4Enrich) > 2)]
##set up a list of gene set collections[＃建立一个基因组的集合列表]
PW_KEGG <- KeggGeneSets(species = "Dm")
gscList <- list(PW_KEGG = PW_KEGG)
##create an object of class 'GSCA'[＃创建一个对象类“GSCA]
gsca <- new("GSCA", listOfGeneSetCollections=gscList, geneList =
KcViab_Data4Enrich, hits = hits)
##print gsca[＃打印gsca服务]
summarize(gsca, what = c("GeneList", "Hits"))
##do preprocessing (KcViab_Data4Enrich has already been preprocessed)[＃做预处理（KcViab_Data4Enrich已经被预处理）]
gsca <- preprocess(gsca, species="Dm", initialIDs = "Entrez.gene",
keepMultipleMappings = TRUE, duplicateRemoverMethod = "max",
orderAbsValue = FALSE)
##print updated object[＃打印更新的对象。]
summarize(gsca, what = c("GeneList", "Hits"))

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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