plotSubNet(HTSanalyzeR)
plotSubNet()所属R语言包：HTSanalyzeR
Plot and save a figure of the enriched subnetwork
绘制和保存了丰富的子网图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This is an generic function.
这是一个通用的功能。
When implemented as the S4 method for class NWA, this function invokes the function networkPlot to plot and save the subnetwork identified by the 'BioNet' package.
当作为实现的S4类的方法NWA，这个函数调用函数networkPlot绘制和保存子网“生物网”一揽子确定。
To use this function for objects of class NWA:
使用此功能的类对象NWA：
plotSubNet(object, filepath, filename, output, ...)
plotSubNet（对象，文件路径，文件名，输出，...）
用法----------Usage----------
plotSubNet(object, ...)
参数----------Arguments----------
参数：object
an object. When implemented as S4 methods of class NWA, this argument is an object of class NWA.
一个对象。当为S4类方法实现NWA，这种说法是一种类NWA的对象。
参数：...
other arguments. (see below for the arguments supported by the method of class NWA)
其他参数。 （见下面的类的方法NWA支持的论据）
Details
详情----------Details----------
After the analyses step for an object of class 'NWA', users can generate the enriched subnetwork identified by the 'BioNet' package. If the slot 'phenotype' was inputted when initializing the object, this function will send it to the function networkPlot as the argument phenotypeVector to highlight nodes in different colors. If the argument species of the function analyze has been assigned, labels of nodes of this subnetwork will be mapped to gene symbols corresponding to the species; otherwise, Entrez identifiers will be used as the labels.
分析类的NWA的“对象”的步骤后，用户可以生成丰富子网“生物网”一揽子确定。如果槽“型”，输入初始化对象时，此功能将它发送到函数networkPlot作为参数phenotypeVector以不同颜色突出节点。如果参数species函数analyze已分配标签，这个子网的节点将被映射到相应的物种的基因符号，否则将作为标签，Entrez的标识符。
作者（S）----------Author(s)----------
Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>
参见----------See Also----------
networkPlot, viewSubNet, analyze
networkPlot，viewSubNet，analyze
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
library(BioNet)
##load p-values and phenotypes[＃加载p值和表型。]
data("KcViab_Data4Enrich","KcViab_PVals")
##load Biogrid interactome for Drosophila Melanogaster[＃装入果蝇Biogrid的相互作用组]
data("Biogrid_DM_Interactome")
##create a NWA (NetWork Analysis) object[＃创建一个NWA（网络分析）对象。]
nwa <- new("NWA", pvalues=KcViab_PVals, phenotypes=KcViab_Data4Enrich,
interactome=Biogrid_DM_Interactome)
##preprocessing[＃预处理]
nwa <- preprocess(nwa, species="Dm", initialIDs="Entrez.gene",
keepMultipleMappings=TRUE, duplicateRemoverMethod="max")
##To create an interactome:[＃创建一个相互作用组：]
##nwa<-interactome(nwa, species="Dm", reportDir="HTSanalyzerReport",[＃NWA <相互作用组（NWA，物种=“DM”，reportDir =的“HTSanalyzerReport”]
##genetic=FALSE)[＃遗传FALSE）]
##do network analysis[＃做网络分析]
nwa <- analyze(nwa, fdr=0.001, species="Dm")
graphics.off()
##plot and save the identified subnetwork[＃绘制和保存确定子网]
plotSubNet(nwa, filepath=".", filename="subnetwork.pdf",
output="pdf", width=8, height=8)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 21:59:08
