pairwisePhenoMannWhit(HTSanalyzeR)
pairwisePhenoMannWhit()所属R语言包：HTSanalyzeR
Mann-Whitney U test for shift in location of genes from gene sets on a pair of phenotypes
曼 - 惠特尼U测试转变的基因，从基因的位置上设置一对表型
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function performs a Mann-Whitney U test for shift in location of genes from gene sets, on a pair of phenotypes. It looks for gene sets that are represented towards the two different ends of two ranked lists of genes, i.e. whose phenotype distribution is located around two different ends of the two phenotype vectors, rather than spread on the whole list in both lists.
执行此功能为在基因组的基因位置转移的Mann-Whitney U检验，对一对表型。它看起来正朝着两个不同的目的基因，即位于两个不同的两型向量的两端，而不是整个列表在两个列表的蔓延，周围的表型分布的两个排名名单代表的基因集。
用法----------Usage----------
pairwisePhenoMannWhit(gl1, gl2, gsc, minGeneSetSize=15, pAdjustMethod="BH")
参数----------Arguments----------
参数：gl1
a named numeric or integer vector where names are gene identifiers of the same type as the ones in the gene set collection, and values are the measurements on phenotype one corresponding to those genes. This vector MUST be ordered (decreasing or increasing)
一个名为数字或整数向量的名字是同一类型的基因在基因组集合的标识符，值是对应的基因表型的测量。这个向量必须订购（减少或增加）
参数：gl2
a named numeric or integer vector where names are gene identifiers of the same type as the ones in the gene set collection, and values are the measurements on phenotype two corresponding to those genes. This vector MUST be ordered
一个名为数字或整数向量的名字是同一类型的基因在基因组集合的标识符，值是对应的基因表型的测量。这种向量必须订购
参数：gsc
a list of gene sets, each of which in the list is a character vector of gene identifiers.
一个基因集的列表，每个列表中的基因识别的特征向量。
参数：minGeneSetSize
a single numeric or integer value specifying the minimum size required for a gene set to be considered.
一个单一的数字或整型值，指定一个基因所需的最小尺寸设置要考虑的。
参数：pAdjustMethod
a single character value specifying the p-value adjustment method to be used (see 'p.adjust' for details)
一个单一的字符值，指定要使用（详见“p.adjust”P-值调整方法）
值----------Value----------
a table with a row for each gene set, containing the p-value for the Mann-Whitney U test, and the adjusted p-value. The table is ordered by the p-value column.
一排每个基因组的一个表，其中包含的Mann-Whitney U检验，p值和调整后的P-值。表是有序的p值的列。
作者（S）----------Author(s)----------
Camille Terfve, Xin Wang
参见----------See Also----------
pairwiseGseaPlot, pairwiseGsea
pairwiseGseaPlot，pairwiseGsea
举例----------Examples----------
gl1 <- runif(100, min=-5, max=5)
gl2 <- runif(100, min=-5, max=5)
names(gl1) <- as.character(sample(x=seq(from=1, to=100, by=1), size=100,
replace=FALSE))
names(gl2) <- names(gl1)
gs1 <- sample(names(gl1), size=20, replace=FALSE)
gs2 <- sample(names(gl1), size=20, replace=FALSE)
gsc <- list(subset1=gs1, subset2=gs2)
pwGSC <- pairwisePhenoMannWhit(gl1=gl1, gl2=gl2, gsc=gsc, minGeneSetSize=2)
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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发表于 2012-2-25 21:58:25
