pairwiseGseaPlot(HTSanalyzeR)
pairwiseGseaPlot()所属R语言包：HTSanalyzeR
Produce a plot for pairwise GSEA result on one gene set
生产上的一个基因组积为成对GSEA结果
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function plots results of the GSEA analyses on one gene set for two phenotypes in parallel .
此功能图上的一个基因GSEA分析的结果为两个平行的表型。
用法----------Usage----------
pairwiseGseaPlot(gl1, gl2, geneSet, exponent=1, output="png", filepath,
filename, ...)
参数----------Arguments----------
参数：gl1
a named numeric or integer vector where names are gene identifiers of the same type as the ones in the gene set collection, and values are the measurements on phenotype one corresponding to those genes. This vector MUST be ordered
一个名为数字或整数向量的名字是同一类型的基因在基因组集合的标识符，值是对应的基因表型的测量。这种向量必须订购
参数：gl2
a named numeric or integer vector where names are gene identifiers of the same type as the ones in the gene set collection, and values are the measurements on phenotype two corresponding to those genes. This vector MUST be ordered
一个名为数字或整数向量的名字是同一类型的基因在基因组集合的标识符，值是对应的基因表型的测量。这种向量必须订购
参数：geneSet
a character vector specifying a gene set (no names, just a vector of characters corresponding to the IDs)
指定一个基因组（没有名字，只是一个矢量字符的ID对应一个字符向量）
参数：exponent
a single numeric or integer value (set as 1 by default) specifying the exponent of the GSEA method.
一个单一的数字或整数指定GSEA方法的指数值（默认设置为1）。
参数：output
a single character value specifying the format of output figure: "pdf" or "png"
一个单一的字符值，指定输出的数字格式：“pdf”或“PNG”
参数：filepath
a single character value specifying the directory where these plots will be stored
指定一个单一的字符值将存储在这些图的目录
参数：filename
a single character value specifying the name of the gene set for which the plot is produced
一个单一的字符值，指定其中图产生的基因组的名称
参数：...
other arguments of the function pdf or png
其他参数功能pdf或png
Details
详情----------Details----------
The plots are going to be produced and stored in the directory 'filepath' with the name 'filename'.
将要生产的名称为“名”目录“文件路径”中的图。
作者（S）----------Author(s)----------
Camille Terfve, Xin Wang
参考文献----------References----------
Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S. & Mesirov, J. P. (2005) Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 15545-15550.
参见----------See Also----------
pairwiseGsea, pairwisePhenoMannWhit
pairwiseGsea，pairwisePhenoMannWhit
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
gl1 <- runif(100, min=-5, max=5)
gl1 <- gl1[order(gl1, decreasing=TRUE)]
gl2 <- runif(100, min=-5, max=5)
gl2 <- gl2[order(gl2, decreasing=TRUE)]
names(gl1) <- as.character(sample(x=seq(from=1, to=100, by=1), size=100,
replace=FALSE))
names(gl2) <- names(gl1)
gs1 <- sample(names(gl1), size=20, replace=FALSE)
gs2 <- sample(names(gl1), size=20, replace=FALSE)
gsc <- list(subset1=gs1, subset2=gs2)
pairwiseGseaPlot(gl1=gl1, gl2=gl2, geneSet=gsc[["subset1"]], filepath=".",
filename="geneSet.pdf", output="pdf", width=8, height=6)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 21:58:16
