NWA-class(HTSanalyzeR)
NWA-class()所属R语言包：HTSanalyzeR
An S4 class for NetWork Analysis on high-throughput screens
网络分析中S4中类高通量筛选
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This class includes a series of methods to do network analysis for high-throughput screens.
这个类包含了一系列方法，做网络分析的高通量筛选。
类的对象----------Objects from the Class----------
Objects of class NWA can be created from new("NWA", pvalues, phenotypes=NULL, interactome=NULL) (see the examples below)
可以创建对象的类NWA new("NWA", pvalues, phenotypes=NULL, interactome=NULL)（见下面的例子）
插槽----------Slots----------
a numeric vector of p-values.
的p值的数字向量。
a numeric or integer vector of phenotypes.
数字或整数向量的表型。
an object of class graphNEL.
对象类graphNEL。
one parameter for BioNet to score nodes in the interactome.
一个生物网参数，以取得相互作用组中的节点。
a list consisting of subnetwork module identified by BioNet and a vector of labels for nodes of the subnetwork module.
生物网和节点的子网模块的标签向量确定子网模块组成的一个列表。
a list of summary information for p-values, phenotypes, interactome and result.
p-values，phenotypes，interactome和result的摘要信息列表。
a logical value specifying whether or not input data has been preprocessed.
一个逻辑值，指定输入的数据是否已进行预处理。
方法----------Methods----------
An overview of methods with class-specific functionality: More detailed introduction can be found in help for each specific function.
概述类特定功能的方法：更详细的介绍，可以发现在每个特定功能的帮助。
do preprocessing for the input vector of p-values and the vector of phenotypes including: a) removing NAs in p-values and phenotypes; b) invoking function duplicateRemover to process duplicated phenotypes and p-values (see duplicateRemover for more details); c) invoking function annotationConvertor to convert annotations;
p值的输入向量，包括表型向量的预处理：a）删除NASp-values和phenotypes，B）调用函数duplicateRemover处理重复的表型和P-调用函数值（见duplicateRemover更多细节）;三）annotationConvertor转换的注释;
invoke function networkAnalysis to identify enriched sub- networks based on input parameter list para.
援引函数networkAnalysis识别丰富的子网络输入参数列表的基础上para。
print summary information about p-values, phenotypes, interactome and result.
打印有关p-values，phenotypes，interactome和result的信息摘要。
build an interactome for the network analysis.
建立一个网络分析的相互作用组。
plot a figure of identified subnetwork.
绘制图确定子网。
plot and save a figure of identified subnetwork.
绘制和保存确定子网的数字。
generate html reports.
生成HTML报告。
作者（S）----------Author(s)----------
Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>
参见----------See Also----------
preprocess analyze summarize interactome viewSubNet plotSubNet report
preprocessanalyzesummarizeinteractomeviewSubNetplotSubNetreport
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
library(BioNet)
##load p-values and phenotypes[＃加载p值和表型。]
data("KcViab_PVals","KcViab_Data4Enrich")
##load Biogrid interactome for Drosophila Melanogaster[＃装入果蝇Biogrid的相互作用组]
data("Biogrid_DM_Interactome")
##create a NWA (NetWork Analysis) object[＃创建一个NWA（网络分析）对象。]
nwa <- new("NWA", pvalues=KcViab_PVals, phenotypes=KcViab_Data4Enrich,
interactome=Biogrid_DM_Interactome)
##preprocessing[＃预处理]
nwa <- preprocess(nwa, species="Dm", initialIDs="Entrez.gene",
keepMultipleMappings=TRUE, duplicateRemoverMethod="max")
##To create an interactome[＃创建1相互作用组]
nwa <- interactome(nwa, species="Dm", reportDir="HTSanalyzerReport",
genetic=FALSE)
##do network analysis[＃做网络分析]
nwa <- analyze(nwa, fdr=0.001, species="Dm")
graphics.off()
##view identified subnetwork[＃查看确定子网]
viewSubNet(nwa)
##report to html pages[＃报告HTML页面]
report(object=nwa, experimentName="NWATest", species="Dm", allSig=TRUE,
keggGSCs="PW_KEGG", goGSCs=c("GO_BP", "GO_MF", "GO_CC"), reportDir=
"NWATestReport")
##browse the index page of the report[＃浏览索引页的报告]
browseURL(file.path(getwd(), "NWATestReport", "index.html"))
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 21:57:56
