R语言 HTSanalyzeR包 gseaPlots()函数中文帮助文档(中英文对照)

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gseaPlots(HTSanalyzeR)
gseaPlots()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Plot GSEA results for one gene set
                                         一个基因组的图GSEA结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes in the output of gseaScores and the named vector  of phenotypes, and plots the positions of genes of the gene set in  the ranked phenotype vector and the location of the enrichment score.  
这个函数需要在输出gseaScores和命名的表型向量和基因的基因组中的排名表型向量和浓缩得分的位置的位置图。


用法----------Usage----------


gseaPlots(runningScore, enrichmentScore, positions, geneList)



参数----------Arguments----------

参数：runningScore
a single numeric value specifying the enrichment score returned from the function "gseaScores"  
一个单一的数值，从函数返回指定的富集得分“gseaScores”


参数：enrichmentScore
a numeric vector of running sum scores (only in mode "graph")  
（仅在“图”模式的运行总和分数的数字矢量）


参数：positions
a numeric vector specifying positions in the ranked phenotype vector  of the genes in the gene set (only in mode "graph")  
排名在基因组的基因表型向量（仅在“图”模式）在指定位置的一个数值向量


参数：geneList
a numeric or integer vector of phenotypes in descending or ascending order with elements named by their EntrezIds (no duplicates nor NA values)  
（无重复，也不NA值的降序或升序与他们EntrezIds命名的元素的顺序表型的数字或整数向量）


作者（S）----------Author(s)----------



Camille Terfve, Xin Wang




参考文献----------References----------

Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S. & Mesirov, J. P. (2005)  Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 15545-15550.

参见----------See Also----------

plotGSEA, viewGSEA
plotGSEA，viewGSEA


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(org.Dm.eg.db)
library(KEGG.db)
##load phenotype vector (see the vignette for details about the[＃负载型向量（见有关细节的小插曲]
##preprocessing of this data set)[＃这组数据的预处理）]
data("KcViab_Data4Enrich")
DM_KEGG <- KeggGeneSets(species="Dm")
GSCscores <- gseaScores(geneList=KcViab_Data4Enrich, geneSet=DM_KEGG[[1]],
exponent=1, mode="graph")
gseaPlots(runningScore=GSCscores$runningScore, enrichmentScore=
GSCscores$enrichmentScore, positions=GSCscores$positions,
geneList=KcViab_Data4Enrich)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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