R语言 HTSanalyzeR包 FDRcollectionGsea()函数中文帮助文档(中英文对照)

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FDRcollectionGsea(HTSanalyzeR)
FDRcollectionGsea()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Compute the GSEA false discovery rates for a collection (list) of gene sets
                                         GSEA虚假发现率计算为基因组的集合（名单）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function computes the GSEA fdr over a list of gene sets
此函数计算了基因组的列表GSEAFDR


用法----------Usage----------


FDRcollectionGsea(permScores, dataScores)



参数----------Arguments----------

参数：permScores
a numeric matrix of permutation-based scores resulting from the output of collectionGsea  
数字的排列基于分数矩阵从输出collectionGsea造成


参数：dataScores
a named numeric vector of observed scores resulting from the output of collectionGsea  
观察分数的数字命名的向量，导致输出collectionGsea


值----------Value----------

a named numeric vector of FDR, one for each gene set
FDR命名的数字向量，每个基因组


作者（S）----------Author(s)----------



Camille Terfve, Xin Wang




参考文献----------References----------

Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S. & Mesirov, J. P. (2005)  Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 15545-15550.

参见----------See Also----------

collectionGsea, permutationPvalueCollectionGsea
collectionGsea，permutationPvalueCollectionGsea


举例----------Examples----------


##example 1[＃示例1]
gl <- runif(100, min=0, max=5)
gl <- gl[order(gl, decreasing=TRUE)]
names(gl) <- as.character(sample(x=seq(from=1, to=100, by=1), size=100,
replace=FALSE))
gs1 <- sample(names(gl), size=20, replace=FALSE)
gs2 <- sample(names(gl), size=20, replace=FALSE)
gscs <- list(gs1=gs1, gs2=gs2)
GSCscores <- collectionGsea(collectionOfGeneSets=gscs, geneList=gl,
exponent=1, nPermutation=1000, minGeneSetSize=5)
GSCfdrs <- FDRcollectionGsea(permScores=GSCscores$Permutation.scores,
dataScores=GSCscores$Observed.scores)
##example 2 (see the vignette for details about the preprocessing of this[＃示例2（看到这个预处理的详细信息的小插曲]
##data set)[＃数据集）]
## Not run: [＃无法运行：]
library(org.Dm.eg.db)
library(KEGG.db)
data("KcViab_Data4Enrich")
DM_KEGG <- KeggGeneSets(species="Dm")
GSCscores <- collectionGsea(collectionOfGeneSets=DM_KEGG, geneList=
KcViab_Data4Enrich, exponent=1, nPermutations=1000, minGeneSetSize=100)
GSCfdrs <- FDRcollectionGsea(permScores=GSCscores$Permutation.scores,
dataScores=GSCscores$Observed.scores)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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