R语言 HTSanalyzeR包 drosoAnnotationConvertor()函数中文帮助文档(中英文对照)

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drosoAnnotationConvertor(HTSanalyzeR)
drosoAnnotationConvertor()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Convert between different types of gene identifiers for Drosophila Melanogaster
                                         果蝇基因标识不同类型之间的转换

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function converts an initial named data vector to the same vector but with a different identifier category, and removes the genes for which no mapping were found. This function can also take a matrix, with gene  identifiers as row names.
此功能最初命名的数据向量转换到同一向量，但用不同的标识符类别，并删除没有映射被发现的基因。此功能也可以采取一个矩阵，行名称基因标识。


用法----------Usage----------


drosoAnnotationConvertor(geneList, initialIDs = "Entrez.gene", finalIDs =
"Entrez.gene", keepMultipleMappings = TRUE, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：geneList
a named integer or numeric vector, or a matrix with rows named by gene identifiers  
一个名为基因标识命名的行的整数或数字向量或矩阵


参数：initialIDs
a single character value specifying the type of initial identifiers for input 'geneList'. The current version can take one of the following types: "Ensembl.transcript", "Ensembl.prot", "Ensembl.gene", "Entrez.gene", "RefSeq", "Symbol", "GenBank", "Flybase", "FlybaseCG", "FlybaseProt".  
一个单一的字符值，指定类型为输入“geneList”的初始标识。当前版本可以采取以下几种类型之一：“Ensembl.transcript”，“Ensembl.prot”，“Ensembl.gene”，“Entrez.gene”，“的RefSeq”，“符号”，“ ;序列“，”果蝇“，”FlybaseCG“，”FlybaseProt“。


参数：finalIDs
a single character value specifying the type of final identifiers to which users want to convert. The current version can take one of the  following types: "Ensembl.transcript", "Ensembl.prot", "Ensembl.gene",  "Entrez.gene", "RefSeq", "Symbol", "GenBank", "Flybase", "FlybaseCG",  "FlybaseProt".  
一个单一的字符值，指定最终用户要转换的标识符类型。当前版本可以采取以下几种类型之一：“Ensembl.transcript”，“Ensembl.prot”，“Ensembl.gene”，“Entrez.gene”，“的RefSeq”，“符号”，“ ;序列“，”果蝇“，”FlybaseCG“，”FlybaseProt“。


参数：keepMultipleMappings
a single logical value. If TRUE, the function keeps the entries with multiple mappings (first mapping is kept). If FALSE, the entries with multiple mappings will be discarded.  
一个单一的逻辑值。如果为TRUE，函数保持多个映射（保持第一的映射）的条目。如果为FALSE，多个映射条目将被丢弃。


参数：verbose
a single logical value specifying to display detailed messages (when verbose=TRUE) or not (when verbose=FALSE)  
一个逻辑值，指定显示详细消息（VERBOSE = TRUE时）或（当VERBOSE = FALSE）


Details

详情----------Details----------

The entries that could not be mapped to any identifiers are removed from the resulting data vector/matrix. This function relies on the org.Dm.eg.dbpackage and therefore only maps
从得到的数据向量/矩阵不能被映射到任何标识的条目被删除。这个函数依赖于的org.Dm.eg.dbpackage，因此只有图

from any identifier to an Entrez gene id, or
Entrez基因身份证，或从任何标识

from an Entrez gene ID to any identifier       
从Entrez基因身份证到任何标识符


值----------Value----------

the same data vector/matrix but with names/row names converted.
相同的数据矢量/矩阵，但名称/行名称转换。


作者（S）----------Author(s)----------



Camille Terfve, Xin Wang




参见----------See Also----------

mammalAnnotationConvertor, celAnnotationConvertor, annotationConvertor
mammalAnnotationConvertor，celAnnotationConvertor，annotationConvertor


举例----------Examples----------


library(org.Dm.eg.db)
##example 1: convert a named vector[＃例子1：一个名为矢量转换]
x <- runif(10)
names(x) <- names(as.list(org.Dm.egSYMBOL2EG))[1:10]
xEntrez <- drosoAnnotationConvertor(geneList=x, initialIDs="Symbol",
finalIDs="Entrez.gene")
##example 2: convert a data matrix with row names as gene ids[＃示例2：数据矩阵转换与基因IDS行名称]
x <- cbind(runif(10), runif(10))
rownames(x) <- names(as.list(org.Dm.egSYMBOL2EG))[1:10]
xEntrez <- drosoAnnotationConvertor(geneList=x, initialIDs="Symbol",
finalIDs="Entrez.gene")

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