appendGSTerms(HTSanalyzeR)
appendGSTerms()所属R语言包：HTSanalyzeR
Append gene set terms to GSCA results
追加基因组方面GSCA结果
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This is a generic function.
这是一个通用的功能。
When implemented as the S4 method for objects of class GSCA, this function finds corresponding annotation terms for KEGG and GO gene sets and inserts a column named "Gene.Set.Term" to each data frame in the GSCA results.
当S4的方法实现类的对象GSCA，这个功能找到相应的注释条款KEGG，GO基因集和插入列名为的“Gene.Set.Term”给每个在GSCA结果数据框。
To use this function for objects of class GSCA:
使用此功能的类对象GSCA：
appendGSTerms(object, keggGSCs=NULL, goGSCs=NULL)
appendGSTerms（对象，keggGSCs = NULL，goGSCs = NULL）
用法----------Usage----------
appendGSTerms(object, ...)
参数----------Arguments----------
参数：object
an object. When this function is implemented as the S4 method of class 'GSCA', this argument is an object of class 'GSCA'.
一个对象。当此功能为落实S4GSCA类的方法，这种说法是一个类GSCA“的对象。
参数：...
other arguments depending on class (see below for the arguments supported by the method of class 'GSCA')
其他参数类别而定（见下文法由类GSCA“的支持论据）
Details
详情----------Details----------
This function makes the GSCA results more readable by appending a column of terms for KEGG and GO gene sets. To do this, the user needs to specify the names of the gene set collections based on KEGG and GO, respectively.
此功能使GSCA结果更追加一列KEGG，GO基因组可读。要做到这一点，用户需要指定KEGG和好，分别为基础的基因组的集合名称。
For each KEGG gene set, the species code in the KEGG id will be trimmed off, and then mapped to its corresponding annotation term using the function mget of the package AnnotationDbi.
对于每个KEGG的基因组，在KEGG ID的物种代码将被修剪掉，然后映射到其相应的注释术语，使用功能mget包AnnotationDbi的。
For each GO gene set, the GO id will be mapped to corresponding GO term by the function Term of the package GO.db.
对于每个GO基因组，GO ID将被映射到相应的GO术语的功能Term包GO.db。
值----------Value----------
In the end, this function will return an updated object of class GSCA.
最后，这个函数将返回一个更新的对象类GSCA。
作者（S）----------Author(s)----------
Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
library(org.Dm.eg.db)
library(KEGG.db)
##load data for enrichment analyses[＃加载富集分析数据。]
data("KcViab_Data4Enrich")
##select hits[＃选择点击]
hits <- names(KcViab_Data4Enrich)[which(abs(KcViab_Data4Enrich) > 2)]
##set up a list of gene set collections[＃建立一个基因组的集合列表]
PW_KEGG <- KeggGeneSets(species = "Dm")
gscList <- list(PW_KEGG = PW_KEGG)
##create an object of class 'GSCA'[＃创建一个对象类“GSCA]
gsca <- new("GSCA", listOfGeneSetCollections=gscList,
geneList = KcViab_Data4Enrich, hits = hits)
##print gsca[＃打印gsca服务]
gsca
##do preprocessing (KcViab_Data4Enrich has already been preprocessed)[＃做预处理（KcViab_Data4Enrich已经被预处理）]
gsca <- preprocess(gsca, species="Dm", initialIDs = "Entrez.gene",
keepMultipleMappings = TRUE, duplicateRemoverMethod = "max",
orderAbsValue = FALSE)
##print gsca again[＃再次打印gsca]
gsca
##do hypergeometric tests and GSEA[＃做超几何测试和GSEA]
gsca <- analyze(gsca, para = list(pValueCutoff = 0.05, pAdjustMethod
= "BH", nPermutations = 1000, minGeneSetSize = 100,exponent = 1))
##append Kegg and GO gene set terms[＃追加KEGG和GO基因组条款]
gsca<-appendGSTerms(gsca, keggGSCs="PW_KEGG")
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 21:53:42
