R语言 HTSanalyzeR包 analyze()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

analyze(HTSanalyzeR)
analyze()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Gene Set Collection Analysis or NetWork Analysis
                                         基因组收集分析或网络分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a generic function.
这是一个通用的功能。

When implemented as the S4 method for objects of class GSCA, this function invokes function  analyzeGeneSetCollections to do  hypergeometic tests and GSEA.
当S4的方法实现类的对象GSCA，这个函数调用函数analyzeGeneSetCollections做hypergeometic的测试和GSEA。

When implemented on an object of class NWA, it calls  function networkAnalysis to do subnetwork identification.
当一个类的对象中实现NWA，它调用函数networkAnalysis做子网标识。

To use this function for objects of class GSCA:
使用此功能的类对象GSCA：

analyze(object, para = list(pValueCutoff = 0.05, pAdjustMethod = "BH",  nPermutations = 1000, minGeneSetSize = 15, exponent = 1), verbose = TRUE)
分析（对象=列表，第（pValueCutoff = 0.05，pAdjustMethod =“波黑”，nPermutations = 1000，minGeneSetSize = 15，指数= 1），VERBOSE = TRUE）

To use this function for objects of class NWA:
使用此功能的类对象NWA：

analyze(object, fdr=0.001, species, verbose=TRUE)
分析（对象，FDR = 0.001，物种，VERBOSE = TRUE）


用法----------Usage----------


analyze(object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object. When this function is implemented as the S4 method of class 'GSCA'  or 'NWA', this argument is an object of class 'GSCA' or 'NWA'.  
一个对象。作为类的GSCA或NWA的“S4方法实现此功能时，这种说法是一个类”GSCA“或”西北航空“的对象。


参数：...
other arguments depending on class (see below for the arguments supported by  the method of class 'GSCA' or 'NWA')  
其他参数类别而定（见下文类“GSCA”或“西北航空”的方法支持的论据）


Details

详情----------Details----------

For objects of class GSCA:
对于类的对象GSCA：

The function will store the results from function analyzeGeneSetCollections  in slot result, and update information about these results to  slot summary of class GSCA.
该功能将存储函数analyzeGeneSetCollections插槽result，这些结果更新信息插槽summary类GSCA的结果。

See function analyzeGeneSetCollections for the detailed information about the returned results.
见函数analyzeGeneSetCollections有关详细信息返回的结果。

For objects of class NWA:
对于类的对象NWA：

The function will store the subnetwork module identified by BioNet (if  species is given, labels of nodes will also be mapped from Entrez IDs  to gene symbols), and update information about these results to slot  summary of class NWA.
函数将存储生物网（species如果给出节点的标签也从Entrez的标识映射到基因符号）所确定的子网模块，并更新有关这些结果的信息插槽summary类NWA。

See function networkAnalysis for the detailed information about the returned results.
见函数networkAnalysis有关详细信息返回的结果。


值----------Value----------

In the end, this function will return an updated object of class GSCA  or NWA.  
在年底，这个函数将返回一个类GSCA或NWA更新的对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>




参考文献----------References----------

for the functional analysis of biological networks. Bioinformatics. 2010  Apr 15;26(8):1129-30.
Identifying functional modules in protein-protein interaction  networks: an integrated exact approach. Bioinformatics 2008 24(13): i223-i231.

参见----------See Also----------

analyzeGeneSetCollections, networkAnalysis
analyzeGeneSetCollections，networkAnalysis


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(org.Dm.eg.db)
library(KEGG.db)
##load data for enrichment analyses[＃加载富集分析数据。]
data("KcViab_Data4Enrich")
##select hits[＃选择点击]
hits <- names(KcViab_Data4Enrich)[which(abs(KcViab_Data4Enrich) > 2)]
##set up a list of gene set collections[＃建立一个基因组的集合列表]
PW_KEGG <- KeggGeneSets(species = "Dm")
gscList <- list(PW_KEGG = PW_KEGG)
##create an object of class 'GSCA'[＃创建一个对象类“GSCA]
gsca <- new("GSCA", listOfGeneSetCollections=gscList,
geneList = KcViab_Data4Enrich, hits = hits)
##print gsca[＃打印gsca服务]
gsca
##do preprocessing (KcViab_Data4Enrich has already been preprocessed)[＃做预处理（KcViab_Data4Enrich已经被预处理）]
gsca <- preprocess(gsca, species="Dm", initialIDs = "Entrez.gene",
keepMultipleMappings = TRUE, duplicateRemoverMethod = "max",
orderAbsValue = FALSE)
##print gsca again[＃再次打印gsca]
gsca
##do hypergeometric tests and GSEA[＃做超几何测试和GSEA]
gsca <- analyze(gsca, para = list(pValueCutoff = 0.05, pAdjustMethod
= "BH", nPermutations = 1000, minGeneSetSize = 100,exponent = 1))
##updated object[＃更新的对象]
gsca
summarize(gsca)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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