R语言 HTqPCR包 plotCtReps()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotCtReps(HTqPCR)
plotCtReps()所属R语言包：HTqPCR

                                        Scatter plot of features analysed twice during each qPCR experiment.
                                         分散的特点图分析两次在每个定量PCR实验。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

In high-throughput qPCR data some features may be present twice on each card (sample). This function will make a scatter plot of one replicate versus the other for each sample individually, as well as mark genes with very deviating replicate values.
在高通量qPCR数据的某些功能可能是目前的两倍，每卡（样本）。此功能将非常偏离复制值的散点图是一个相对于其他每个样品的复制单独以及标记基因。


用法----------Usage----------


plotCtReps(q, card = 1, percent = 20, verbose = TRUE, col = 1, ...)



参数----------Arguments----------

参数：q
object of class qPCRset.
对象类qPCRset。


参数：card
integer, the sample number to plot.
整数，样本数以图。


参数：percent
numeric, features with replicate values differ more than this percentage from their average will be marked on the plot.
数字，复制价值观不同，他们的平均超过这一比例的功能将在图上标明。


参数：verbose
logical, should the deviating genes and their Ct values be printed to the terminal.
逻辑，应偏离基因和他们的Ct值被打印到终端。


参数：col
integer or character; the colour of the points in the scatter plot.
整数或字符;散点图中的点的颜色。


参数：...
any other arguments are passed to plot.
任何其他的参数被传递到plot。


Details

详情----------Details----------

This function will look through the data in the qPCRset, find all genes with are presented twice on the array, and plot the Ct values of these replicated genes against each other. Whether a genes goes to the x or y-axis depends on the first occurrence of the gene names.
此功能看起来通过在qPCRset的数据，发现阵列上两次提出的所有基因，并绘制这些复制的基因的Ct值，对彼此的。无论是基因进入到X或Y轴取决于基因的名字第一次出现。

All genes where abs(rep1-rep2) > percent/100*replicate mean will be marked by an open circle, and the gene names written in red letters.
所有的基因，其中ABS（REP1-rep2）> percent/100 *复制平均将有一个开放的圆圈，红色写出的基因名称。


值----------Value----------

An plot is created on the current graphics device. Also, a data.frame with the names and values of deviating genes is returned invisibly.
当前图形设备上创建一个图。此外，返回一个数据框的名称和价值背离基因无形。


作者（S）----------Author(s)----------


Heidi Dvinge



参见----------See Also----------

plot, and par for the plotting parameters.
plot，par绘图参数。


举例----------Examples----------


# Load example data[加载示例数据]
data(qPCRraw)
# Plot replicates[图复制]
plotCtReps(qPCRraw, card=1, percent=30)
plotCtReps(qPCRraw, card=2, percent=10)
reps <- plotCtReps(qPCRraw, card=2, percent=20)
reps

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